For the complete DHIS2 documentation index, see llms.txt.

Laboratoire de la tuberculose - Guide de Conception du Système¶

Introduction¶

Le Laboratoire de la tuberculose (TB-Lab) dans DHIS2 a été développé en réponse à un besoin exprimé par les pays d'adapter rapidement une solution pour gérer la collecte d'échantillons de laboratoire, les tests et les données de résultats de laboratoire pour les cas suspects et présumés de tuberculose. Les ensembles de données permettent d'établir des rapports à partir des établissements de santé où les échantillons de laboratoire sont collectés et peuvent également être traités, ainsi qu'à partir des laboratoires, afin de générer des indicateurs clés de performance du programme et d'améliorer la visibilité sur les diagnostics de tuberculose. Cette section présente la conception d'un ensemble d'indicateurs de base et d'analyses de tableaux de bord à travers le modèle de données agrégées pour que les pays intègrent des indicateurs basés sur les laboratoires dans le HMIS. version actualisée des [ " Lignes directrices unifiées de l'OMS sur la tuberculose : module 1 : prévention : traitement préventif de la tuberculose "] (https://www.who.int/publications/i/item/9789240001503) et du [Cadre d'enregistrement et de notification de l'OMS] (https://apps.who.int/iris/handle/10665/79199) à partir de 2013.

Cas d'utilisation¶

Cette composante saisit un ensemble minimum de points de données nécessaires à l'analyse épidémiologique basée sur les diagnostics de laboratoire parmi les cas suspects de tuberculose. Il s'agit des facteurs à risque, des résultats de laboratoire pour le diagnostic et les examens de routine, de la classification des types de résistance aux médicaments, des régimes de traitement fournis et de l'issue du cas. Les données sources peuvent provenir d'outils électroniques de surveillance des cas tels que le tracker de surveillance des cas de tuberculose de DHIS2 ou être agrégées et rapportées dans DHIS2 à partir de documents sur support papier ou d'autres sources, en fonction du contexte du pays. Tout au long du document, nous fournissons des conseils de base sur la manière dont les éléments de données agrégés pour les indicateurs de base peuvent être renseignés à l'aide des données sources du système de suivi de la surveillance des cas de tuberculose de DHIS2.

L'ensemble de données agrégées des laboratoires de tuberculose a été conçu pour s'aligner parfaitement sur le programme Tracker de la [Surveillance des cas de tuberculose] (#tb-cs-design), qui a été conceptualisé pour refléter un flux de travail générique pour l'intégration des données saisies dans les établissements de santé (par exemple, par les cliniciens et les infirmiers), ainsi que celles provenant des laboratoires. Pour plus d'informations sur la structure et sa justification pour le programme tracker TB SC, veuillez vous référer au chapitre "Aperçu de la conception du système" du [guide de conception du tracker] (https://docs.dhis2.org/en/topics/metadata/tuberculosis/tb-case-surveillance-tracker/version-200/design.html). Les flux de travail peuvent varier d'un pays à l'autre et la conception de DHIS2 doit être adaptée si nécessaire au contexte local.

Flux de données dans les étapes du tracker

La conception du tracker, comme le montre l'organigramme ci-dessus, a été améliorée afin d'élargir les informations qui pourraient potentiellement être collectées dans le laboratoire. Cette expansion a bien sûr touché les métadonnées, qui sont désormais plus complètes et permettent de distinguer les tests effectués pour diagnostiquer les cas suspects de ceux effectués pour surveiller les cas déjà confirmés. En outre, elle a également créé une base plus générique sur laquelle les chargés de la mise en œuvre et les pays peuvent s'appuyer pour élaborer leur propre flux de travail. De même, l'ensemble de données agrégées TB Lab dans le package agrégé TB a été créé pour élargir les données liées au laboratoire qui peuvent être collectées et analysées à des fins de diagnostic parmi les cas suspects, ou à des fins de surveillance parmi les cas confirmés (carrés orange dans l'organigramme ci-dessus).

L'agrégation à partir du système de suivi de la surveillance des cas de tuberculose est réalisée grâce à des indicateurs de programme, qui sont mappés aux éléments de données agrégées correspondants décrits dans ce document de conception et inclus dans le fichier de référence des métadonnées. Cette conception permet aux implémentations électroniques basées sur les cas à grande échelle (les moins courantes), aux implémentations sur papier (courantes) ou aux implémentations hybrides électroniques/papier (les plus courantes) de générer le même ensemble d'indicateurs de surveillance de base à l'échelle nationale et de bénéficier des recommandations d'analyse incluses dans les tableaux de bord. Pour plus d'informations sur l'agrégation des données individuelles sur la tuberculose, veuillez vous référer au document [ "Déclaration des données basées sur les cas dans les rapports agrégés sur la tuberculose "] (https://docs.dhis2.org/en/topics/metadata/tuberculosis/tb-case-surveillance-tracker/version-200/design.html#reporting-case-based-data-into-aggregate-tb-reports) section in the TB case surveillance design guide. For a more generic guide on how to integrate tracker and aggregate data, please refer to the page linked here.

Utilisateurs cibles¶

Les administrateurs du système & les équipes de base du SIS : ceux qui sont chargés de la conception et de la maintenance du HMIS national et/ou des systèmes de données sur la tuberculose
Les points focaux du programme de lutte contre la tuberculose Ils sont chargés de superviser les fonctions de collecte, de gestion, d'analyse et de communication des données du programme national de lutte contre la tuberculose
Les techniciens de laboratoire chargés de rapporter les données de laboratoire et les superviseurs de laboratoire chargés de contrôler la charge et la qualité du travail effectué.
Les spécialistes d'appui à l'implémentation, par exemple ceux qui fournissent une assistance technique au programme de lutte contre la tuberculose ou à l'unité centrale HMIS pour soutenir et maintenir DHIS2 en tant que système national d'information sur la santé et/ou système de données sur la tuberculose

Configuration de l'ensemble de données¶

L'ensemble de données du TB Lab a une périodicité mensuelle. Les pays peuvent l'adopter tel quel ou l'aligner sur leurs exigences en matière de déclaration et modifier la périodicité de l'ensemble de données en conséquence. Il est à noter que pour rester flexible face aux variations observées dans l'adoption de la surveillance électronique basée sur les cas dans les pays, certains éléments de données sont désagrégés par cas suspects et confirmés. Si un pays ne collecte que des données sur les cas confirmés, les combinaisons de catégories doivent être ajustées en conséquence pour simplifier l'ensemble de données.

Définitions importantes¶

Dans l'ensemble des données, les implémenteurs et les utilisateurs ne doivent pas mélanger et dévaloriser la signification des Cas (patients), Échantillons (matière prélevée sur le corps pour faciliter le processus de diagnostic médical), et Tests (procédure médicale effectuée pour détecter, diagnostiquer ou surveiller les maladies, les processus pathologiques, la susceptibilité, ou pour déterminer un traitement). Le tracker de surveillance des cas de tuberculose correspondant suggère un flux de travail pour déclarer un certain nombre de tests par échantillon (voir le chapitre "Résultats du laboratoire de diagnostic" du guide de conception du tracker pour plus d'informations). Dans le formulaire de saisie des données agrégées, plusieurs échantillons par cas, plusieurs tests par échantillon et plusieurs tests par échantillon par type peuvent être signalés. Il est important de garder cela à l'esprit, car il existe un risque potentiel de non-concordance des nombres dans les calculs - si plusieurs tests sont enregistrés par patient, les résultats seront à juste titre différents les uns des autres.

La logique de programme suivante pour le comptage des cas ne s'applique qu'à l'étape du diagnostic de la tuberculose. Elle aidera les utilisateurs à éviter les erreurs de calcul dans les scénarios où plusieurs échantillons sont prélevés par cas ou lorsque certains tests sont répétés :

Microscopie du frottis d'expectoration
Cas présumés de tuberculose avec un résultat d'examen microscopique valide pendant la phase de diagnostic de la tuberculose
- "+- si au moins un résultat de test est+"
- "- si au moins un résultat de test est" et qu'aucun résultat "+++" n'est enregistré
- "+" - si au moins un résultat de test est "+" et qu'aucun résultat "ou+" n'est enregistré.
- "Faible" - si au moins un résultat de test est faible et qu'aucun résultat "+", "ou+" n'est enregistré.
- "Négatif" - si tous les résultats des tests sont négatifs et qu'aucun résultat positif n'est enregistré.
Culture (solide ou liquide moyen)
Cas présumés de tuberculose avec résultat de culture valide
- "MTB" - si au moins un résultat de test est MTB
- Les infections à mycobactéries non tuberculeuses "MNT" - si au moins un résultat de test est MNT et qu'aucun résultat MTB n'est enregistré.
- Les cas de culture contaminée ou d'absence de croissance ne sont pas comptabilisés.
Xpert MTB/RIF ou Xpert MTB/RIF Ultra
Cas présumés de tuberculose avec un résultat GeneXpert valide
- "MTB détectée" - si au moins un résultat de test est "MTB détectée"
- "MTB non détecté" - si au moins un résultat de test est "MTB non détecté" et qu'aucun résultat "MTB détecté" n'est enregistré.
Cas MTB-positifs avec un résultat Rifampicine par Xpert MTB/RIF
- "Résistant " - si au moins un résultat montre une résistance.
- "Susceptible" - si au moins un résultat montre une susceptibilité et aucune résistance.
- "Indéterminé" - si au moins un résultat est indéterminé et qu'aucune susceptibilité ou résistance n'est détectée.

Éléments de donnée¶

Tous les éléments de données appartenant à l'ensemble de données Tb Lab sont regroupés dans le groupe d'éléments de données "Laboratoire - TB ". La liste complète des éléments de données est disponible dans le [fichier de référence] (resources/tb_agg_lab_reference.xlsx)

Informations sur l'ensemble de données¶

Cas Présumés¶

Les données saisies dans cette section sont nécessaires pour calculer le taux de positivité global lors du diagnostic de la tuberculose. Si la mise en œuvre ne recueille que des données sur les cas confirmés, cette section et les éléments de données doivent être supprimés.

Échantillons de TB¶

Dans cette section, des informations de base sur les échantillons sont enregistrées sur les échantillons collectés, testés, reçus ou perdus. Chaque élément de données est un sous-groupe du précédent : parmi les échantillons collectés, le laboratoire doit indiquer combien ont été physiquement reçus, et enfin, parmi ces échantillons, combien ont été acceptés pour être testés. Les données sont désagrégées en fonction du type de patient sur lequel les échantillons ont été prélevés : cas présumés (diagnostic de la tuberculose) et cas confirmés (suivi des cas). l'implémentation devrait-elle uniquement collecter les données relatifs aux cas confirmés, la combinaison de catégories devrait être supprimée.

Microscopie du frottis d'expectoration¶

Échantillons, cas et volumes de tests de microscopie

La section contient des données relatives aux tests de microscopie de frottis :

Échantillons testés par microscopie (diagnostic de la tuberculose et suivi des cas)
Cas testés par microscopie (diagnostic de la tuberculose et suivi des cas)
Cas présumés de tuberculose avec un résultat d'examen microscopique valide (faible, +, ++, +++, négatif)
Tests de diagnostic microscopique par résultat (faible, +, ++, +++, négatif)

Culture - Milieu liquide et solide¶

Échantillons, cas et volumes de tests de culture

Les sections sur les milieux de culture solides et liquides suivent la même structure. Des captures d'écran de la section des milieux de culture liquides sont incluses dans ce document à des fins d'illustration.

Échantillons testés par culture (diagnostic de la tuberculose et suivi des cas)
Cas testés par culture (diagnostic de la tuberculose et suivi des cas)
Cas présumés de tuberculose avec résultat de culture valide (MTB,MNT)
Tests de culture diagnostique par résultat (MTB, MTN, absence de croissance, contamination)

GeneXpert - Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra¶

Échantillons, cas et volumes de tests GeneXpert

Les sections Xpert MTB/RIF et Xpert MTB/RIF Ultra suivent la même structure. Des captures d'écran de la section Xpert MTB/RIF sont incluses dans ce document à des fins d'illustration.

Échantillons testés par GeneXpert (diagnostic de la tuberculose)
Cas testés par GeneXpert (diagnostic de la tuberculose)
Cas présumés de tuberculose avec un résultat GeneXpert valide (MTB détectée, MTB non détectée)
Cas de MTB positifs avec un résultat de Rifampicine par GeneXpert (résistants, susceptibles, indéterminés)
Tests GeneXpert par résultat à la Rifampicine (résistants, susceptibles, indéterminés)
Tests de diagnostic Xpert MTB/RIF par résultat (MTB détecté, MTB non détecté, erreur, invalide, pas de résultat)

L'option de désagrégation du suivi des cas a été grisée car les tests GeneXpert ne sont pas généralement utilisés pour le suivi des cas.

Délai de traitement de l'échantillon¶

Cette section contient des données relatives aux délais d'exécution pour les échantillons de microscopie et de culture. Les échantillons microscopiques sont désagrégés en fonction du nombre de jours écoulés entre le prélèvement de l'échantillon et le résultat du test (de 0 à 6 jours et +). Les échantillons de culture sont désagrégés en fonction du nombre de jours écoulés entre le prélèvement de l'échantillon et l'inoculation de l'échantillon (de 0 à 11 jours et +).

Délai de traitement de la microscopie (nombre total de jours)
Délai d'exécution de la culture solide pour l'inoculation de l'échantillon (nombre total de jours)
Délai d'exécution de la culture liquide pour l'inoculation de l'échantillon (nombre total de jours)
Tests de microscopie par délai de traitement (0 à 6 et +)
Tests de culture solide par délai de traitement (0 à 11 et +)
Tests de culture liquide par délai de traitement (0 à 11 et +)

REMARQUE

Le délai de traitement total doit être calculé manuellement sur la base des informations provenant des registres papier, des documents Excel ou d'autres systèmes électroniques et saisies dans le DHIS2.

Règles de validation¶

Le package comprend un ensemble de règles de validation qui visent à améliorer la qualité des données rapportées. Ces règles vérifient la cohérence des données relatives aux nombres totaux et aux désagrégations pour les cas, les tests et les échantillons. Toutes les règles de validation appartenant à l'ensemble de données Tb-Lab sont regroupées dans le groupe de règles de validation "Laboratoire -TB". La liste complète des règles de validation est disponible dans le fichier de référence des métadonnées.

Tableaux de bord¶

L'ensemble de données TB-Lab comprend un tableau de bord prédéfini (TB9. laboratoire) résumant les indicateurs clés pour le suivi des activités du laboratoire (tests, cas, échantillons, taux de positivité, délais de traitement et résultats des tests).

Le tableau de bord contient une section comprenant des données globales sur les tests, ainsi que des sections distinctes pour la microscopie à frottis, Xpert MTB/RIF, Xpert MTB/RIF Ultra, les cultures solides et liquides. En fonction du contexte local, du type d'implémentation et de la disponibilité des tests, le tableau de bord peut et doit être adapté pour répondre aux besoins de l'implémentation.

Groupes d'utilisateurs¶

Le module comprend les mêmes groupes d'utilisateurs standard que le progiciel HMIS TB.

Nom	UID	Droits d'accès
Accès à la tuberculose	`pyu2ZlNKbzQ`	Visualiser les métadonnées, visualiser les données
Administrateur de la Tuberculose	`Ubzlyfqm1gO`	Modifier et visualiser les métadonnées, visualiser les données
Saisie des données de la tuberculose	`UKWx4jJcrKt`	Visualiser les métadonnées, saisir et visualiser les données

Considérations particulières¶

Transfert de données du tracker à l'agrégation¶

Tous les éléments de données du package agrégé TB-Lab sont mappés aux indicateurs de programme dans le tracker de surveillance des cas de tuberculose. Cela permet aux pays de mettre en œuvre des projets où le tracker et la collecte et le rapport des données agrégées doivent être mis en œuvre en parallèle. De plus amples informations sur l'utilisation de l'ensemble de données agrégées pour les données individuelles sont disponibles dans la section [ "Utilisation du modèle de données agrégées avec les déploiements de trackers"] (https://docs.dhis2.org/en/implement/tracker-implementation/tracker-performance-at-scale.html#use-of-aggregate-data-model-with-tracker-deployments) du document [Performance du tracker à l'échelle] (https://docs.dhis2.org/en/implement/tracker-implementation/tracker-performance-at-scale.html#tracker-performance-at-scale). En outre, le document [Intégration des données de suivi et des données agrégées] (https://docs.dhis2.org/en/implement/maintenance-and-use/tracker-and-aggregate-data-integration.html#:~:text=Tracker%20data%20can%20be%20aggregated,month%20to%20produce%20monthly%20reports) fournit plus de détails sur les différentes approches de la mise en œuvre des données agrégées et individuelles combinées.

Références¶

Organisation mondiale de la santé, (2013). Définitions et cadre de déclaration de la tuberculose - révision 2013 (mise à jour décembre 2014 et janvier 2020). Genève. URL : https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/79199/9789241505345_eng.pdf?sequence=1&isAllowed=y [accessed 20 July 2022]

Organisation Mondiale de la Santé, (2020). Manuel opérationnel de l'OMS sur la tuberculose (Module 1 - Prévention) : Traitement préventif de la tuberculose . Genève, URL : https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331525/9789240002906-eng.pdf [ Mis à disposition le 22 juillet 2022]