Enquête de résistance aux médicaments antituberculeux (ERM) de l'OMS - Guide d'installation du tracker¶

Package Version 1.0.1

Langue par défaut du système : anglais

Traductions disponibles : français, espagnol, portugais

Aperçu¶

Les fichiers .json de métadonnées du package contiennent un composant « package » qui fournit des détails techniques sur la version et le contenu du package. Les fichiers disponibles dans la version actuelle du package sont énumérés ci-dessous.

DHIS2.35¶

=== « Package complet »

```json
"package": {
    "DHIS2Build": "35d663a",
    "DHIS2Version": "2.35.11",
    "code": "TBDR00",
    "description": "Anti-Tuberculosis Drug Resistance Survey (DRS)",
    "lastUpdated": "20220124T083253",
    "locale": "en",
    "name": "TB_DRS_TKR_1.0.1_DHIS2.35.11-en",
    "type": "TKR",
    "version": "1.0.1"
}
```

DHIS2.36¶

=== « Package complet »

```json
"package": {
    "DHIS2Build": "5d136cb",
    "DHIS2Version": "2.36.6",
    "code": "TBDR00",
    "description": "Anti-Tuberculosis Drug Resistance Survey (DRS)",
    "lastUpdated": "20220124T073407",
    "locale": "en",
    "name": "TB_DRS_TKR_1.0.1_DHIS2.36.6-en",
    "type": "TKR",
    "version": "1.0.1"
}
```

Lors de l'importation de ce package dans une nouvelle / vierge instance, veuillez vous référer au Guide d'installation de DHIS2.

Installation¶

L'installation du module se fait en plusieurs étapes :

1. Préparation du fichier de métadonnées.
2. Importer le fichier de métadonnées DHIS2.
3. Configuration des métadonnées importées.
4. Adaptation du programme après son importation

Il est recommandé de lire d'abord chaque section avant de commencer le processus d'installation et de configuration dans le DHIS2. Les sections non applicables ont été identifiées, selon que vous importiez dans une nouvelle instance de DHIS2 ou dans une instance de DHIS2 ayant déjà des métadonnées. La procédure décrite dans le présent document doit être testée dans un environnement de test et de simulation avant d'être répétée ou transférée dans une instance de production du DHIS2.

Conditions requises¶

Pour installer le module, il faut nécessairement un compte d'utilisateur administrateur sur DHIS2. La procédure décrite dans le présent document doit être testée dans un environnement de test et de simulation avant d'être exécutée sur une instance de production du DHIS2.

Il faut veiller à ce que le serveur lui-même et l'application DHIS2 soient bien sécurisés, afin de limiter l'accès aux données collectées. Les détails sur la sécurisation d'un système DHIS2 dépassent le cadre de ce document et nous renvoyons à l'adresse Documentation sur le DHIS2.

Préparation du fichier de métadonnées¶

REMARQUE : Si vous installez le package sur une nouvelle instance de DHIS2, vous pouvez alors ignorer la section "Préparation du fichier de métadonnées" et passer immédiatement à la section "Importer un fichier de métadonnées dans DHIS2".

Bien que ce ne soit pas toujours nécessaire, il peut souvent être avantageux d'apporter certaines modifications au fichier de métadonnées avant son importation dans DHIS2.

Dimension de données par défaut¶

Dans les premières versions du système DHIS2, les UID des dimensions de données par défaut étaient générés automatiquement. Ainsi, bien que toutes les instances du système DHIS2 possèdent une option de catégorie par défaut, une catégorie d’élément de données, une combinaison de catégories et une combinaison d’options de catégorie, les UID de ces valeurs par défaut peuvent être différents. Les versions ultérieures du système DHIS2 utilisent des UID codés en dur pour la taille par défaut, lesquels sont utilisés dans les packages de configuration.

Pour éviter tout conflit lors de l’importation des métadonnées, nous vous recommandons de rechercher et de remplacer toutes les occurrences de ces objets par défaut dans l’ensemble du fichier .json, en remplaçant les UID du fichier .json par ceux de l’instance dans laquelle le fichier sera importé. Le tableau 1 présente les UID à remplacer, ainsi que les points de terminaison d’API permettant d’identifier les UID existants.

Identifiez les UID des tailles par défaut de votre instance à l’aide des requêtes API affichées et remplacez les UID dans le fichier .json par ceux de l’instance.

N.B.

Notez que cette opération de recherche et de remplacement doit être effectuée via un éditeur de texte brut, et non un traitement de texte comme Microsoft Word.

Types d'indicateurs¶

Le type d’indicateur est également un type d’objet susceptible de créer un conflit lors de l’importation, car certains noms sont utilisés dans différentes bases de données DHIS2 (par ex. « Pourcentage »). Comme les types d’indicateurs sont définis par leur facteur (y compris 1 pour les indicateurs « numérateur seulement »), ils ne laissent aucune ambiguïté et peuvent être remplacés en recherchant et remplaçant des UID. Cette méthode permet d’éviter les éventuels conflits d’importation et empêche le responsable de la mise en œuvre de créer des doublons de types d’indicateurs. Le tableau ci-dessous contient les UID pouvant être remplacés, ainsi que les points de terminaison d’API permettant d’identifier les UID existants :

TrackedEntityType (Type d'entité suivie)¶

Comme pour les types d’indicateurs, il se peut que des types d’entités suivies existent déjà dans votre base de données DHIS2. Pour éviter de créer des doublons, les références au type d’entité suivie doivent être modifiées pour refléter les éléments de votre système. Le tableau ci-dessous contient les UID pouvant être remplacés, ainsi que les points de terminaison d’API permettant d’identifier les UID existants :

Ordre de tri pour les options¶

Vérifiez si l’ordre de tri sortOrder des options de votre système correspond à celui inclus dans le package de métadonnées. Cela ne s’applique que si le fichier .json et l’instance cible contiennent des options et des ensembles d’options avec le même UID.

Après l’importation, assurez-vous que l’ordre de tri des options d’un ensemble d’options commence par 1. Les valeurs de l’ordre de tri ne doivent avoir aucun écart (par exemple 1, 2, 3, 5, 6).

L’ordre de tri peut être modifié dans l’application Maintenance.

1. Accédez à l’ensemble d’options applicable
2. Ouvrez la section « Options »
3. Utilisez « TRIER PAR NOM », « TRIER PAR CODE/VALEUR » ou « TRIER MANUELLEMENT » comme alternative.

Tableaux de bord et visualisations¶

Les tableaux de bord et les visualisations de chaque tableau de bord ne peuvent pas être masqués ou non masqués par des constantes. Par conséquent, les tableaux de bord/visualisations non applicables doivent être supprimés manuellement lors de l'installation du package en fonction de la sélection des tests/médicaments.

Les visualisations dans le fichier de métadonnées peuvent contenir un caractère générique. Ce caractère générique dans le fichier metadata.json doit être remplacé par l'UID de l'unité d'organisation Racine de l'instance cible avant que le package ne puisse être importé.

Certaines visualisations et cartes peuvent contenir des références à des niveaux d'unité d'organisation. Les cartes composées de plusieurs visualisations cartographiques peuvent contenir diverses références à des niveaux d'unité d'organisation en fonction de la configuration de la couche cartographique. Le tableau ci-dessous donne un aperçu des éléments inclus dans le package. Ajustez les références de niveau d'unité d'organisation dans le fichier json des métadonnées pour qu'elles correspondent à la structure de l'unité d'organisation dans l'instance cible avant d'importer le fichier de métadonnées.

Exemple:

Importation de métadonnées¶

Utilisez l’application DHIS2 Import/Export pour importer des packages de métadonnées. Nous vous recommandons d’utiliser la fonction « test » pour identifier les problèmes avant de tenter d’effectuer une importation réelle des métadonnées. Si le « test » signale des problèmes ou des conflits, consultez la section conflits lors de l’importation ci-dessous. Si aucune erreur n’est signalée lors de l’importation « test »/« validée », essayez d’importer les métadonnées. Si l’importation s’est déroulée sans erreur, vous pouvez passer à la configuration du module. Dans certains cas, les conflits ou les problèmes d’importation n’apparaissent pas pendant le test, mais durant l’importation réelle. Dans ce cas, le résumé de l’importation indiquera les erreurs à résoudre.

Gestion des conflits d'importation¶

REMARQUE

Si vous importez le package dans une nouvelle instance du système DHIS2, il n’y aura aucun conflit lors de l’importation, car ia base de données cible ne contient aucune métadonnée. Après avoir importé les métadonnées, passez à la section « Configuration ».

Différents types de conflit peuvent survenir, mais le plus courant est le fait que le nom, le nom abrégé et/ou le code des objets de métadonnées du package de configuration existent déjà dans la base de données cible. Il existe plusieurs solutions alternatives à ces problèmes, chacun avec ses avantages et ses inconvénients. La solution la plus appropriée dépend, par exemple, du type d’objet à l’origine du conflit.

Option 1¶

Renommez l'objet existant dans votre base de données DHIS2 pour lequel il existe un conflit. L'avantage de cette approche est qu'il n'est pas nécessaire de modifier le fichier .json, les changements étant effectués par l'interface utilisateur de DHIS2. Il est probable que cela soit moins sujet à des erreurs. Cela signifie également que le paquet de configuration est laissé tel quel, ce qui peut être un avantage, par exemple lorsque des mises à jour du package sont publiées. Les objets du package d'origine sont également souvent référencés dans le matériel de formation et la documentation.

Option 2¶

Renommez l'objet pour lequel il y a un conflit dans le fichier .json. L'avantage de cette approche est que les métadonnées DHIS2 existantes sont laissées telles quelles. Cela peut être un facteur lorsqu'il y a du matériel de formation ou de la documentation, comme les procédure normale d'exploitation des dictionnaires de données liés à l'objet en question, et cela n'implique aucun risque de confusion pour les utilisateurs lors de la modification des métadonnées qui leur sont familières.

Notez que pour les deux options 1 et 2, la modification peut être aussi simple que l'ajout d'un petit pré/post-fixe au nom, pour minimiser le risque de confusion.

Option 3¶

Une troisième approche, plus complexe, consiste à modifier le fichier .json pour réutiliser les métadonnées existantes. Par exemple, dans les cas où un ensemble d'options existe déjà pour un certain concept (par exemple "sexe"), cet ensemble d'options pourrait être supprimé du fichier .json et toutes les références à son UID remplacées par l'ensemble d'options correspondant existant déjà dans la base de données. Le grand avantage de cette méthode (qui n'est pas limitée aux seuls cas où il y a un conflit d'importation directe) est d'éviter de créer des métadonnées dupliquées dans la base de données. Il y a des aspects essentiels à prendre en compte lors de ce type de modification :

• il nécessite une connaissance approfondie de la structure détaillée des métadonnées du DHIS2
• Cette approche ne fonctionne pas pour tous les types d'objets. En particulier, certains types d'objets ont des dépendances compliquées à résoudre de cette manière, par exemple en ce qui concerne les désagrégations.
• il sera compliqué de procéder aux futures mises à jour du package de configuration.

Configuration supplémentaire¶

Une fois que toutes les métadonnées sont importées avec succès, des étapes doivent être mises en oeuvre avant que le module ne soit fonctionnel.

Partage¶

Tout d'abord, vous devrez utiliser la fonctionnalité Partage du DHIS2 pour configurer quels utilisateurs (groupes d'utilisateurs) doivent voir les métadonnées et les données associées au programme ainsi que qui peut enregistrer/saisir des données dans le programme. Par défaut, le partage a été configuré pour ce qui suit :

• Type d'entité suivie
• Programme
• Étapes du programme
• Tableaux de bord

Quatre groupes d'utilisateurs sont inclus dans le package :

• ERM - admin
• ERM - accès
• ERM - saisie des données

Les éléments suivants sont attribués par défaut à ces groupes d'utilisateurs

Vous voudrez bien affecter vos utilisateurs au groupe d'utilisateurs approprié en fonction de leur rôle dans le système. Vous pouvez également activer le partage pour d'autres objets du paquet en fonction de votre configuration. Référez-vous à la Documentation DHIS2 pour plus d'informations sur la configuration du partage

Les rôles d'utilisateurs¶

Les utilisateurs auront besoin de rôles utilisateur pour pouvoir utiliser les différentes applications du DHIS2. Les rôles minimums suivants sont recommandés :

1. Analyse des données Tracker : Il peut visualiser des analyses d'événements et accéder à des tableaux de bord, des rapports d'événements, un visualiseur d'événements, un visualiseur de données, des tableaux croisés dynamiques, des rapports et des cartes.
2. Saisie de données Tracker : possibilité d'ajouter des valeurs de données, de mettre à jour les entités suivies, de rechercher des entités suivies dans les unités d'organisation et d'accéder à l'application Saisie Tracker

Consultez le site Documentation de DHIS2 pour plus d’informations sur la configuration des rôles des utilisateurs.

Unités d’organisation¶

Le programme et les ensembles de données doivent être attribués à des unités d’organisation dans la hiérarchie existante afin d’être accessibles via les applications tracker capture ou capture.

Métadonnées dupliquées¶

REMARQUE

Cette section ne s’applique que si vous importez dans une base de données DHIS2 qui comporte déjà des métadonnées. Si vous travaillez avec une nouvelle instance du système DHIS2, veuillez ignorer cette section et aller à Adaptation du programme du Tracker. Si vous utilisez des applications tierces qui dépendent des métadonnées actuelles, notez que cette mise à jour pourrait les rompre.

Même lorsque les métadonnées sont importées avec succès sans aucun conflit d'importation, il peut y avoir des doublons dans les métadonnées - éléments de données, attributs d'entités suivies ou ensembles d'options qui existent déjà. Comme indiqué dans la section ci-dessus sur la résolution des conflits, il est important de garder à l'esprit que les décisions relatives à la modification des métadonnées dans le DHIS2 doivent également tenir compte d'autres documents et ressources associés de différentes manières aux métadonnées existantes et aux métadonnées importées par le biais du package de configuration. La résolution des doublons ne consiste donc pas seulement à "nettoyer la base de données", mais aussi à s'assurer que cela est fait sans, par exemple, briser le potentiel d'intégration avec d'autres systèmes, la possibilité d'utiliser du matériel de formation, la rupture des SOP, etc. Cela dépend beaucoup du contexte.

Il est important de garder à l’esprit que le DHIS2 dispose d’outils pouvant dissimuler certaines des complexités des duplications potentielles dans les métadonnées. Par exemple, lorsqu’il existe des ensembles d’options en double, ils peuvent être masqués pour des groupes d’utilisateurs par le biais de Partage.

Les constantes¶

Le Tracker de l'enquête de l'OMS sur la résistance aux médicaments contre la tuberculose (ERM) comprend un ensemble de tests et une liste de médicaments qui peuvent être modifiés par le pays de mise en œuvre en fonction du contexte national (par exemple, les médicaments et les tests qui sont utilisés/disponibles dans le pays). L'utilisation de constantes et de règles de programme correspondantes permet à un administrateur de système dans un pays de mise en œuvre d'activer ou de désactiver facilement des types de médicaments et de tests en fonction de leur disponibilité. Lorsque le package complet est installé dans une instance DHIS2, tous les éléments de données pour tous les tests et médicaments inclus dans ce package sont inclus dans le système. Toutes les valeurs constantes sont initialement fixées à 1 (activation des éléments de données connexes pour la saisie des données) et peuvent être fixées à 0 par un responsable de la mise en œuvre ou un administrateur système en fonction du contexte national si elles ne sont pas nécessaires (désactivation des éléments de données connexes pour la saisie des données). Si un test ou un médicament devient disponible ultérieurement, l'administrateur peut simplement réactiver les éléments de données en modifiant la constante d'une valeur de 0 à une valeur de 1.

Échantillonnage en cluster / Échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé¶

Indiquer si le pays utilise l'échantillonnage Cluster ou l'échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé.

Nombre d'échantillons d'ERM envoyés au LNR{ #number-of-drs-samples-sent-to-nrl }¶

Configurer le nombre d'échantillons envoyés au traitement par le LNR

Tests de dépistage initiaux¶

Configurez les tests de dépistage initiaux utilisés pour la confirmation bactériologique de la tuberculose : Test de frottis d'expectoration microscopique, Xpert MTB/RIF ou les deux.

Traitement des échantillons LRE¶

Indiquer si le pays a la possibilité d'envoyer des échantillons au LRE (laboratoire supranational).

Tests au LNR¶

Liste des médicaments disponibles¶

Veuillez noter que les constantes permettent de masquer certaines sections et certains éléments de données lors de la saisie des données, sans qu'il soit nécessaire de les supprimer du fichier système/metadata.json. Cependant, les éléments sont toujours affectés au programme et seront inclus lors de l'exportation de toutes les données dans des fichiers csv, par exemple.

Configuration de l'interface de saisie du tracker, des widgets et de la barre supérieure¶

Vous devez configurer le tableau de bord de saisie du tracker après l'installation du package. Cette configuration comprend les formulaires de saisie de données, les widgets et la barre supérieure.

Modèles de saisie de données¶

• Après avoir enregistré le premier cas (test), accédez au menu Paramètres dans le formulaire de saisie du tracker et sélectionnez Afficher/Masquer les widgets.
• Passer de la Saisie de données chronologiques à la Saisie de données tabulaires
• Assurez-vous que les widgets Inscription, Commentaire et Profil sont sélectionnés. Cliquez sur Fermer.
• Ajuster les widgets sur l'écran.

Barre supérieure¶

• Accédez au menu Paramètres et sélectionnez Paramètres de la barre supérieure.
• Sélectionnez Activer la barre supérieure
• Sélectionnez les champs d'information requis et attribuez-leur un ordre de tri.

• Cliquez sur Enregistrer
• Retournez au menu Paramètres. Cliquez sur Enregistrer la mise en page du tableau de bord par défaut. Verrouiller la mise en page pour tous les utilisateurs.

Adapter le programme tracker¶

Une fois le programme importé, il est possible que vous souhaitiez y apporter certaines modifications. Voici quelques exemples d'adaptations locales que vous pourrez effectuer :

• Ajout de variables supplémentaires au formulaire.
• Adaptation des noms des éléments de données/options en fonction des usages au niveau national.
• Ajout des traductions aux variables et/ou au formulaire de saisie des données.
• Modification des indicateurs du programme en fonction des définitions de cas locales.

Toutefois, il est fortement recommandé de faire preuve d'une grande prudence si vous décidez de modifier ou de supprimer l'un des formulaires/métadonnées inclus. Il y a donc un risque que des modifications brisent des fonctionnalités, par exemple les règles du programme et les indicateurs du programme.