Enquête de résistance aux médicaments antituberculeux (ERM) de l'OMS- Conception d'un système de suivi¶

Résumé¶

Le module TB ERM de DHIS2 est un outil de collecte de données conçu spécifiquement pour les enquêtes de résistance aux médicaments antituberculeux (ERM), qui sont des études discrètes destinées à mesurer la résistance aux médicaments parmi un échantillon d'individus représentatifs sélectionné de l'ensemble d'une population atteinte de tuberculose. Les enquêtes sont mises en œuvre périodiquement jusqu'à ce que la capacité d'un système de surveillance de routine continue soit établie. Le module TB ERM permet aux pays de configurer entièrement l'outil de saisie des données de l'enquête, en spécifiant la conception de l'étude et l'algorithme de laboratoire utilisé pour l'identification et la spéciation de la tuberculose, et le profilage phénotypique et/ou génotypique de la résistance aux médicaments antituberculeux. Le module est conçu pour les équipes d'enquête opérationnelles dans les locaux du Programme National de Lutte contre la Tuberculose ( PNLT ) et/ou dans le(s) Laboratoire(s) National(s) de Référence ( LNR ). Les établissements périphériques de soins de santé et de diagnostic qui participent à l'enquête peuvent, le cas échéant, saisir directement les données des questionnaires épidémiologiques et cliniques des participants inscrits. Les résultats des tests de laboratoire effectués à l'étranger, souvent par un Laboratoire de Référence de l'Etat pour la tuberculose ( LRE ) ou un autre partenaire de soutien, peuvent également être directement introduits dans le système par le personnel du LRE ou importés au moyen d'un fichier csv. Le module TB ERM n'est pas destiné à la gestion clinique de la tuberculose. Le module permet d'exporter des fichiers csv standardisés, prêts pour l'analyse, et comprend des tableaux de bord de visualisation des données, des résumés de données descriptives et des tableaux croisés, ainsi que des rapports sur les données manquantes pour contrôler la qualité et l'avancement de l'enquête.

Objectif et public cible¶

Ce document décrit la conception, le contenu et la fonctionnalité d'un module standard de DHIS2 TB ERM pour la saisie électronique et la visualisation de données provenant d'enquêtes de résistance aux médicaments antituberculeux (ERM). Le module a été conçu sur la base des dernières orientations et exigences en matière de métadonnées pour la surveillance de la résistance aux médicaments de la tuberculose. Ce document s'adresse aux personnes chargées de la mise en œuvre des systèmes de données sur la tuberculose et/ou des Systèmes d'Information sur la Gestion de la Santé (HMIS) dans les pays, ainsi qu'aux personnes spécifiquement chargées de la mise en œuvre d'une enquête de résistance aux médicaments ERM comme suit :

1. Les administrateurs du système/les points focaux du HMIS : Ils sont chargés d'installer les packages de métadonnées, de concevoir et de maintenir le HMIS et/ou les systèmes de données sur la tuberculose.
2. les points focaux des équipes de coordination et d'exploitation du ERM, composées de représentants du Programme National de Lutte contre la Tuberculose ( PNLT ) et du Laboratoire National de Référence ( LNR ), chargés de superviser les fonctions de collecte, de gestion, d'analyse et de déclaration des données de l'enquête.
3. Les spécialistes d'appui à l'implémentation: il s'agit par exemple de ceux qui fournissent une assistance technique au programme de lutte contre la tuberculose ou à l'équipe centrale du HMIS pour soutenir et maintenir DHIS2 et ses modules associés, tels que les groupes HISP.

Le manuel de conception du système explique comment le module ERM de DHIS2 TB a été configuré pour répondre aux exigences en matière de saisie et d'analyse des données et pour prendre en charge un flux de travail typique. Le manuel ne contient pas de liste exhaustive de toutes les métadonnées saisies. Il ne tient pas non plus compte des ressources et de l'infrastructure nécessaires à la mise en œuvre d'un tel système, telles que les serveurs, l'alimentation électrique, les connexions Internet, les sauvegardes, la formation et l'assistance aux utilisateurs. De plus amples informations sur les aspects techniques du programme TB ayant servi de base à la conception de ce système sont disponibles dans la [publication de l'OMS sur l'enregistrement et la notification électroniques pour les soins et le contrôle de la tuberculose] (http://www.who.int/tb/publications/electronic_recording_reporting/en/).

Contexte¶

Le projet mondial de surveillance de la résistance aux médicaments antituberculeux, hébergé par l'OMS, est le plus ancien et le plus important projet de surveillance de la résistance aux médicaments antimicrobiens dans le monde. Depuis son lancement en 1994, des données sur la résistance aux médicaments de la tuberculose ont été systématiquement collectées et analysées dans 169 pays du monde (données jusqu'en 2019). Les données proviennent soit de systèmes de surveillance continue basés sur des test de pharmaco-sensibilité (TSM) de routine chez au moins 80 % des patients dont la tuberculose a été bactériologiquement confirmée, soit d'enquêtes épidémiologiques périodiques portant sur des échantillons représentatifs de patients. Le projet mondial est soutenu par divers partenaires techniques et par le réseau des laboratoires de référence de l'Etat (LRE) pour la tuberculose de l'OMS, qui comprend actuellement 32 laboratoires. Le projet mondial a servi de plateforme commune pour l'évaluation au niveau national, régional et mondial de l'ampleur et des tendances de la résistance aux médicaments antituberculeux et a aidé les pays à planifier l'intensification de la gestion de la tuberculose pharmacorésistante en fournissant des données essentielles sur la charge de morbidité nationale et les schémas de résistance aux médicaments. Les trois principales catégories utilisées pour la surveillance mondiale sont la tuberculose résistante à la rifampicine (RR) avec ou sans résistance à l'isoniazide (MDR-TB), la tuberculose résistante à l'isoniazide sans résistance à la rifampicine (Hr-TB) et la résistance supplémentaire aux fluoroquinolones au sein de ces groupes, qui constituent un élément essentiel des schémas thérapeutiques recommandés pour la MDR/RR-TB et la Hr-TB. Les définitions révisées de la tuberculose pré-extensive résistante aux médicaments (pré-XDR) et de la tuberculose ultrarésistante sont appliquées depuis 2021. La tuberculose pré-XDR correspond à une résistance combinée à la rifampicine et à une fluoroquinolone. La tuberculose XDR correspond à une résistance combinée à ces médicaments ainsi qu'à au moins un médicament du groupe A recommandé pour le traitement de la tuberculose MDR/RR (bédaquiline ou linézolide).

Des progrès considérables ont été accomplis dans l'élargissement de la couverture des TSM grâce à l'expansion mondiale des outils moléculaires rapides, qui ont permis à un nombre croissant de pays de passer d'une dépendance à l'égard des enquêtes périodiques à la mise en place de systèmes de surveillance continue fondés sur des TSM de routine. Malgré ces progrès, un tiers des pays dépendent encore de la réalisation d'enquêtes périodiques pour la surveillance de la pharmacorésistance dans la tuberculose, dont 23 figurent sur la liste de l'OMS des 40 pays à forte charge de tuberculose et/ou de tuberculose multirésistante (MDR) pour la période 2016-2020. La réalisation d'enquêtes permet de développer et de renforcer les capacités globales des laboratoires, les systèmes de transport et d'orientation des échantillons, ainsi que l'expertise en matière de gestion des données. Tous ces aspects, ainsi que la mise en œuvre de systèmes de saisie électronique des données et de solutions de connectivité des données, aident les pays à passer à une surveillance continue de la tuberculose pharmacorésistante. Cette dernière permet d'améliorer l'accès à un traitement et à des soins appropriés en temps voulu et offre des avantages programmatiques, notamment la détection rapide des épidémies, le suivi en temps réel de l'efficacité des interventions et la compréhension des tendances.

Le document de l'OMS intitulé "Guide pour garantir de bonnes pratiques cliniques et de gestion des données pour les enquêtes nationales sur la tuberculose" (2021) donne un aperçu des processus et des procédures de collecte, de traitement, de nettoyage, de validation, d'analyse et de stockage des données d'enquête afin de produire des données d'enquête de haute qualité qui soient complètes, fiables, opportunes, traitées correctement et dont l'intégrité est préservée. À cette fin, tous les pays sont encouragés à mettre en place des systèmes électroniques. Le présent document décrit un outil électronique de saisie de données entièrement personnalisable pour la surveillance de la ERM de la tuberculose, conçu conformément aux normes et recommandations énoncées dans le document de l'OMS intitulé "Guide pour la surveillance de la résistance aux médicaments de la tuberculose, 6e édition" (2021). L'outil d'enquête comprend des tableaux de bord pour la visualisation et le résumé des données, y compris des indicateurs de qualité et de progrès, afin de faciliter le suivi et la supervision des activités d'enquête. L'utilisateur n'a pas besoin d'expertise en matière de configuration et de conception de bases de données. La mise en œuvre de cet outil peut aider les pays à développer les compétences en matière de gestion des données nécessaires à la mise en œuvre à long terme de systèmes électroniques pour la surveillance de routine de la tuberculose et de la tuberculose pharmacorésistante.

Aperçu de la conception du système¶

Cas d'utilisation¶

Le module TB ERM permet d'enregistrer les cas de tuberculose inscrits dans une enquête, puis de saisir électroniquement les données et de suivre les tests de laboratoire et les résultats des tests de sensibilité aux médicaments (TSM) pour les échantillons soumis par chaque cas de tuberculose au LNR, après la confirmation bactériologique initiale de la tuberculose dans les établissements de santé qui recrutent les cas éligibles. Le module saisit un ensemble minimum de variables nécessaires à l'analyse épidémiologique des données de l'enquête, comme le recommande le document de l'OMS intitulé « Guide pour la surveillance de la pharmacorésistance dans la tuberculose, 6e édition ». Ces variables comprennent des informations cliniques et sociodémographiques sur le patient (y compris les antécédents de traitement antituberculeux et des informations supplémentaires facultatives sur les facteurs de risque potentiels de résistance aux médicaments dans la tuberculose), les tests de laboratoire effectués sur chaque échantillon soumis pour analyse et les résultats de laboratoire à des médicaments antituberculeux sélectionnés. Le module TB ERM n'est pas conçu pour soutenir la gestion clinique ni les soins aux patients. Le module sert de registre électronique et de base de données, et soutient généralement la saisie électronique centralisée des données dans les locaux centraux du NTP et/ou du LNR. En fonction de l'infrastructure et des ressources disponibles dans le pays, le module peut être adapté pour prendre en charge la saisie électronique décentralisée des données au niveau des établissements de santé. Certaines parties du module sont également configurées pour permettre la saisie directe des données par le LRE et d'autres partenaires externes.

La stratégie d'échantillonnage et l'algorithme de diagnostic choisi pour un anti- TB ERM varient en fonction du pays. L'algorithme de diagnostic d'une enquête combine souvent plusieurs techniques phénotypiques et/ou moléculaires pour le TSM d'une gamme de médicaments sélectionnés par le pays. Le module TB ERM prend actuellement en compte les deux modèles d'enquête les plus courants (échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé du pays ou échantillonnage en cluster) et toutes les techniques de diagnostic en laboratoire recommandées par l'OMS pour le TSM. Les utilisateurs peuvent adapter le module TB ERM à leurs besoins en sélectionnant le plan d'enquête et les tests de laboratoire applicables à leur enquête. Cela comprend la configuration des tests de diagnostic utilisés dans les établissements de santé pour la confirmation bactériologique initiale de la tuberculose et la configuration du nombre d'échantillons d'expectorations soumis au LNR pour des tests supplémentaires. Il est également possible de configurer des plans d'enquête mixtes en cas d'échantillonnage stratifié. Les médicaments antituberculeux spécifiques à inclure sont également entièrement personnalisables.

Aperçu du programme¶

Le déroulement de l'enquête commence par l'enrôlement d'un individu dans un établissement de santé périphérique après confirmation bactériologique d'une tuberculose pulmonaire, ce qui implique l'attribution d'un identifiant d'enquête unique (ID de l'ERM) à l'individu et le remplissage d'un formulaire de rapport de cas à la suite d'un entretien avec le patient et d'une consultation des dossiers cliniques. Le formulaire de rapport de cas recueille des informations sociodémographiques et cliniques sur le cas, y compris le statut VIH le cas échéant. Ces informations sont souvent recueillies sur papier, en même temps que les résultats de l'examen microscopique ou du test Xpert MTB/RIF de la confirmation bactériologique initiale de la tuberculose. Au moins un échantillon d'expectoration est alors prélevé sur le cas de tuberculose pour être envoyé ultérieurement au LNR. Les détails de l'envoi, tels que les dates d'échantillonnage et d'envoi, sont également notés dans les formulaires papier appropriés.

Les échantillons sont généralement envoyés directement au LNR et/ou à d'autres laboratoires collaborateurs, accompagnés de tous les formulaires papier qui ont été remplis dans l'établissement de santé périphérique. Les personnes chargées de la saisie des données dans les locaux centraux du LNR/NTP enregistrent d'abord le cas de tuberculose de l'enquête en saisissant l'identifiant du ERM dans la base de données électronique, ainsi que les détails de base du cas. Une fois le cas enregistré, les informations des formulaires papier de terrain, tels que le formulaire de rapport de cas, peuvent être saisies ultérieurement. À la réception des échantillons, le personnel désigné du LNR les enregistre dans le système en complétant les détails de l'envoi, y compris la date d'arrivée de l'échantillon, en plus des dates de collecte et d'envoi des échantillons notées dans les formulaires papier. Lorsque le LNR procède à l'analyse des échantillons en laboratoire, les tests et les résultats sont également saisis dans le module. Ces tests et résultats peuvent être saisis directement en temps réel par le personnel du LNR ou introduits dans le système par le personnel du NTP ou du LNR à partir des registres du laboratoire.

Le module TB ERM est conçu de manière à ce que les pays puissent configurer le nombre d'échantillons d'expectoration à prélever sur chaque cas de tuberculose inscrit (entre 1 et 4). Les échantillons reçoivent automatiquement un identifiant unique qui correspond à la concaténation de l'identifiant du patient (ERM) et d'un numéro de réplique de l'échantillon. Pour chacun des échantillons préconfigurés dans le système, le module TB ERM produit un formulaire qui contient la liste complète prédéfinie des tests à effectuer au LNR, pour un panel personnalisé de médicaments antituberculeux. L'utilisateur doit ensuite saisir, pour chaque test de laboratoire, un résultat final correspondant à l'échantillon spécifique testé (en utilisant le formulaire de l'échantillon utilisé pour le test). Les résultats intermédiaires ne sont pas saisis par le système à cette étape. Il est toutefois possible qu'un test soit effectué sur plus d'un échantillon, comme c'est le cas pour l'examen microscopique des frottis d'expectoration. Le module est donc conçu pour suivre l'historique du laboratoire pour chaque échantillon, en commençant par spécifier si un échantillon a été éliminé ou stocké uniquement, et en permettant la saisie de commentaires en texte libre. Si les échantillons sont envoyés au LRE, le système crée un formulaire pour rassembler les détails de l'envoi ainsi que les résultats du LRE, qui peut être rempli à une date ultérieure.

Pour pouvoir saisir les résultats des tests de laboratoire, il est indispensable que le cas de tuberculose ait été enregistré dans le module en ajoutant l'identifiant ERM et les détails de base de l'enregistrement. Ce n'est qu'ensuite que les échantillons correspondants peuvent être enregistrés pour la saisie électronique des tests de laboratoire et des résultats. Une fois le cas de tuberculose et les échantillons enregistrés, les données du cas et de l'échantillon peuvent être récupérées pour être éditées et pour ajouter des informations supplémentaires à une date ultérieure. Bien que le processus d'enquête le plus courant ait été décrit ci-dessus, le module peut être adapté à la saisie directe en temps réel, décentralisée ou centralisée, sans utiliser d'outils de collecte de données sur papier, dans les pays disposant des capacités et des ressources adéquates.

Étape	Description	Préconfiguration requise
Inscription	Saisir les données sociodémographiques pour inscrire le patient au module TB ERM	ID du Patient de l'ERM ID du Cluster (si applicable)
Formulaire de rapport de cas	Statut VIH, confirmation bactériologique initiale de la tuberculose, antécédents de traitement fournis par le patient, antécédents de traitement basés sur les dossiers cliniques, décision finale concernant les antécédents de traitement.	Dépistage initial : Confirmation bactériologique de la tuberculose
Collecte et envoi d'échantillons de l'ERM au LNR	Identifiants de l'échantillon de l'ERM, dates de prélèvement, additifs, envoi au LNR, arrivée au LNR, commentaires.	Nombre d'échantillons de l'ERM envoyés au LNR (par pays)
LNR - Échantillon 1 de l'ERM	Tests effectués sur l'échantillon 1 au LNR. Saisit les tests, les résultats des tests, les dates et les commentaires.	Le nombre d'étapes de programme (de 1 à 4) peut être pré-configuré en fonction du nombre d'échantillons envoyés au LNR (selon le pays).
LNR - Échantillon 2 de l'ERM	Tests effectués sur l'échantillon 2 au LNR. Saisit les tests, les résultats des tests, les dates et les commentaires.	-//-
LNR - Échantillon 3 de l'ERM	Tests effectués sur l'échantillon 3 au LNR. Saisit les tests, les résultats des tests, les dates et les commentaires.	-//-
LNR - Échantillon 4 de l'ERM	Tests effectués sur l'échantillon 4 au LNR. Saisit les tests, les résultats des tests, les dates et les commentaires.	-//-
LRE	Envoi de l'échantillon au LRE et tests effectués. Saisit les tests, les résultats des tests, les dates et les commentaires.	Spécifique à un pays. L'étape du LRE peut être exclue de la liste des étapes du programme.

Inscription¶

Formulaire de rapport de cas¶

La conception du formulaire de rapport de cas est basée sur l'« Exemple de formulaire d'information clinique » des [Directives de l'OMS pour la surveillance de la résistance aux médicaments de la tuberculose, 6e édition] (https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/174897/9789241549134_eng.pdf?sequence=1). Il est conçu à la fois pour la saisie de données secondaires (sur la base d'un formulaire papier) et pour la saisie directe de données lors d'un entretien en direct. Il permet de saisir :

• Statut VIH du patient ;
• Résultats du dépistage initial : confirmation bactériologique de la tuberculose soit par microscopie du frottis d'expectoration, soit par Xpert MTB/RIF, soit par les deux tests. Le(s) test(s) de dépistage initial est/sont configuré(s) lors de la configuration initiale dans l'application de maintenance. NB Si le dépistage initial est basé sur l'examen microscopique de > 2 échantillons, seuls les 2 échantillons ayant la charge bactérienne la plus élevée seront saisis. ;
• Antécédents de traitement fournis par le patient (si le patient ne se souvient pas d'un traitement antérieur contre la tuberculose, des questions de vérification lui seront posées) ;
• Antécédents de traitement sur la base du dossier médical ;
• Décision finale sur les antécédents de traitement ;
• Nom de l'agent chargé de remplir le formulaire.

Les données clés sont affichées dans la barre supérieure de l'interface de saisie du système de surveillance des cas de tuberculose dans DHIS2. Si le patient est déjà inscrit dans le système de suivi des cas de tuberculose, les données pertinentes, telles que le numéro d'enregistrement de la tuberculose, peuvent être automatiquement importées dans le module TB ERM.

Collecte et envoi d'échantillons d' ERM au LNR¶

Le nombre d'échantillons envoyés au LNR est défini dans la configuration initiale. Il peut varier de 1 à 4 (voir Configuration initiale : Constantes). Le programme est conçu dans le but de collecter des données sur tous les échantillons expédiés. Les données relatives à chaque échantillon sont saisies dans l'étape correspondante du programme. Le formulaire de collecte et d'envoi saisit les dates de collecte des échantillons, les additifs éventuels, la date d'envoi de l'échantillon au LNR, la date d'arrivée et tout commentaire ou remarque connexe.

Options d'additifs : aucun ; CPC ; Éthanol ; PrimeStore ; Autre. L'option « Autre » doit être spécifiée dans un champ séparé. Les identifiants des échantillons de l'ERM sont générés selon la norme suivante : ID de l'ERM du patient / [N° d'échantillon] Les numéros d'échantillon sont 1, 2, 3 ou 4.

Fonctionnalité optionnelle : Lorsque le module est utilisé pour la saisie directe des données, des notifications peuvent être envoyées aux LNR en cas de saisie de données dans le formulaire de Traitement des échantillons de l'ERM au LNR. (à configurer séparément).

LNR - Échantillons d'ERM 1 - 4¶

Les étapes du programme de traitement des échantillons au LNR pour les échantillons de 1-4 sont identiques. Chaque étape est destinée à recueillir des données pour l'échantillon correspondant.

Le nombre d'étapes du programme affiché dans le module TB ERM dépend du nombre d'échantillons qui sont envoyés au LNR pour traitement et qui sont définis dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme. La configuration par défaut est de 2 échantillons.

LNR - Echantillon 1 de l'ERM - 4 étapes du programme sont utilisées pour saisir les données clés liées au traitement de l'échantillon : tests utilisés, dates et résultats.

Chaque pays utilise des tests différents au niveau du LNR. Le module TB de l'ERM comprend les tests suivants :

• Examen microscopique du frottis d'expectoration
• Xpert MTB/RIF
• Xpert MTB/RIF Ultra
• Culture en milieu solide (par exemple LJ)
• Culture en milieu liquide (par exemple TICM)
• TSM phénotypique initiale en milieu solide (p. ex. LJ)
• TSM phénotypique initial en milieu liquide (par exemple TICM)
• TSM phénotypique ultérieur en milieu solide (p. ex. LJ)
• TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide (p. ex. TICM)
• LPA (Rifampicine/Isoniazid)
• LPA (Fluoroquinolones/Injectables de seconde intention)
• Séquençage ciblé des gènes
• Séquençage du génome entier

Les tests utilisés pour le traitement des échantillons par les LNR du pays sont sélectionnés dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme.

En outre, le programme indique si l'échantillon a été rejeté ou perdu, ou s'il a été stocké. Tout détail important non saisi dans le formulaire peut être saisi dans la section « Commentaires et remarques ».

Échantillon rejeté ou perdu¶

• Si l'échantillon est rejeté ou perdu, les raisons du rejet ou de la perte doivent être fournies. L'étape du programme peut être terminée.

Microscopie du frottis d'expectoration¶

• La date et le résultat final du test de microscopie sont saisis. Options de résultat final : Négatif ; faible ; + ; ++ ; +++

Xpert MTB/RIF¶

• La date et le résultat final du test Xpert MTB/RIF sont saisis. En cas de détection de MTB, le résultat quantitatif est saisi.
• Options finales du Xpert MTB/RIF : MTB détecté (sensible à la rifampicine) ; MTB détecté (résistant à la rifampicine) ; MTB détecté (indéterminé à la rifampicine) ; MTB non détecté ; Pas de résultat ; Erreur ; Invalide
• Options de résultats quantitatifs : Élevé ; Moyen ; Faible ; Très faible ; Trace ; Inconnu

Xpert MTB/RIF Ultra¶

• La date et le résultat final de l'Xpert MTB/RIF Ultra sont saisis. En cas de détection de MTB, le résultat quantitatif est saisi.
• Options ultra finales du Xpert MTB/RIF : MTB détecté (sensible à la rifampicine) ; MTB détecté (résistant à la rifampicine) ; MTB détecté (indéterminé à la rifampicine) ; MTB non détecté ; Pas de résultat ; Erreur ; Invalide
• Options de résultats quantitatifs : Élevé ; Moyen ; Faible ; Très faible ; Trace ; Inconnu

Culture en milieu solide (par exemple LJ)¶

• La date d'inoculation, le résultat final de la culture et la date du résultat final sont saisis.
• Options de résultat final de la culture : MTB ; NTM ; Pas de croissance ; Contaminé

Culture en milieu liquide (par exemple TICM)¶

• La date d'inoculation, le résultat final de la culture et la date du résultat final sont saisis.
• Options de résultat final de la culture : MTB ; NTM ; Pas de croissance ; Contaminé

Phénotype initial TSM en milieu solide (par exemple LJ)¶

• La date d'inoculation, la date des résultats finaux et les résultats finaux des médicaments testés sont saisis.
• La liste des médicaments à tester est définie dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme.

• Liste des médicaments disponibles pour les tests : Rifampicine, Isoniazide CC, Isoniazide CB, Pyrazinamide, Ethambutol, Levofloxacine, Moxifloxacine CC, Moxifloxacine CB, Amikacine, Bedaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine.
• La clofamizine et le pyrazinamide ne peuvent être testés qu'en milieu liquide.
• CC signifie Concentrations critiques recommandées par l'OMS pour l'analyse de l'isoniazide et de la moxifloxacine.
• CB signifie Clinical Breakpoint (point de rupture clinique) et correspond à des tests de concentration plus élevée uniquement pour l'isoniazide et la moxifloxacine.
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Contaminé ; Indéterminé

Phénotype initial TSM en milieu liquide (par exemple TICM){ #initial-phenotypic-dst-in-liquid-media-eg-mgit }¶

• La date d'inoculation, la date des résultats finaux et les résultats finaux des médicaments testés sont saisis.
• La liste des médicaments à tester est définie dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme.

• Liste des médicaments disponibles pour les tests : Rifampicine, Isoniazide CC, Isoniazide CB, Pyrazinamide, Ethambutol, Levofloxacine, Moxifloxacine CC, Moxifloxacine CB, Amikacine, Bedaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine.
• CC signifie Concentrations critiques recommandées par l'OMS pour l'analyse de l'isoniazide et de la moxifloxacine.
• CB signifie Clinical Breakpoint (point de rupture clinique) et correspond à des tests de concentration plus élevée uniquement pour l'isoniazide et la moxifloxacine.
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Contaminé ; Indéterminé

TSM phénotypique ultérieure en milieu solide (par exemple LJ)¶

{ #subsequent-phenotypic-dst-in-solid-media-eg-lj }

• La date d'inoculation, la date des résultats finaux et les résultats finaux des médicaments testés sont saisis.
• La liste des médicaments à tester est définie dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme.

• Liste des médicaments disponibles pour les tests : Rifampicine, Isoniazide CC, Isoniazide CB, Pyrazinamide, Ethambutol, Levofloxacine, Moxifloxacine CC, Moxifloxacine CB, Amikacine, Bedaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine.
• La clofamizine et le pyrazinamide ne peuvent être testés qu'en milieu liquide.
• CC signifie Concentrations critiques recommandées par l'OMS pour l'analyse de l'isoniazide et de la moxifloxacine.
• CB signifie Clinical Breakpoint (point de rupture clinique) et correspond à des tests de concentration plus élevée uniquement pour l'isoniazide et la moxifloxacine.
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Contaminé ; Indéterminé

TSM phénotypique ultérieure en milieu liquide (par exemple TICM)¶

• La date d'inoculation, la date des résultats finaux et les résultats finaux des médicaments testés sont saisis.
• La liste des médicaments à tester est définie dans l'application de maintenance lors de la configuration initiale du programme.

• Liste des médicaments disponibles pour les tests : Rifampicine, Isoniazide CC, Isoniazide CB, Pyrazinamide, Ethambutol, Levofloxacine, Moxifloxacine CC, Moxifloxacine CB, Amikacine, Bedaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine.
• CC signifie Concentrations critiques recommandées par l'OMS pour l'analyse de l'isoniazide et de la moxifloxacine.
• CB signifie Clinical Breakpoint (point de rupture clinique) et correspond à des tests de concentration plus élevée uniquement pour l'isoniazide et la moxifloxacine.
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Contaminé ; Indéterminé

LPA (Rifampicine / Isoniazide)¶

• La date du LPA, le type d'échantillon et les résultats finaux pour la rifampicine et l'isoniazide (en cas de détection de MTBc) sont saisis.
• Options de type d'échantillon : Échantillons d'expectoration ou sédiments ; cultures de MTB isolées
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Indéterminé

LPA (Fluoroquinolones / produits injectables de deuxième intention)¶

• La date du LPA, le type d'échantillon et les résultats finaux pour les fluoroquinolones, la kanamycine, l'amikacine/capréomycine et l'éthambutol (en cas de détection de MTBc) sont saisis.
• L'éthambutol peut être exclu du formulaire lors de la configuration initiale.
• Options de type d'échantillon : Échantillons d'expectoration ou sédiments ; cultures de MTB isolées
• Options de résultat final : Susceptible ; Résistant ; Indéterminé

Séquençage ciblé des gènes¶

• La date des résultats, les résultats de la spéciation génotypique et le profil de résistance génotypique pour les médicaments testés (si le complexe MTB (MTBc) a été détecté et qu'un profil de résistance génétique interprétable est disponible) sont saisis.
• Résultats de la spéciation génotypique : MTBc ; MTBc combiné et autres ; NTM ; Contamination ; Échec
• Si l'option "Échec" est sélectionnée, les raisons de l'échec doivent être fournies.
• Liste des médicaments disponibles pour le profil de résistance génotypique : Rifampicine, Isoniazide, Pyrazinamide, Ethambutol, Fluoroquinolones, Amikacine, Ethionamide, Bédaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine, Pretomanid
• Options de résultat final : Résistant ; Susceptible ; Pas de résultat interprétable (c'est-à-dire que la qualité est insuffisante) ; Indéterminé (c'est-à-dire que la mutation est inconnue / non évaluée)

Séquençage du génome entier¶

• La date des résultats, les résultats de la spéciation génotypique et le profil de résistance génotypique pour les médicaments testés (si le complexe MTB (MTBc) a été détecté et qu'un profil de résistance génétique interprétable est disponible) sont saisis.
• Résultats de la spéciation génotypique : MTBc ; MTBc combiné et autre ; NTM ; Contamination ; Échec Dans le cas où "Échec" est sélectionné, les raisons de l'échec doivent être fournies.
• Liste des médicaments disponibles pour le profil de résistance génotypique : Rifampicine, Isoniazide, Pyrazinamide, Ethambutol, Fluoroquinolones, Amikacine, Ethionamide, Bédaquiline, Delamanid, Linezolid, Clofazimine, Pretomanid
• Options de résultat final : Résistant ; Susceptible ; Pas de résultat interprétable (c'est-à-dire que la qualité est insuffisante) ; Indéterminé (c'est-à-dire que la mutation est inconnue / non évaluée)

Stockage uniquement¶

• Si l'échantillon est stocké, la case "Stockage uniquement" est cochée. L'étape du programme peut être terminée.

Commentaires et Remarques¶

LRE¶

Cette étape du programme peut être ajoutée aux formulaires de saisie des données si les échantillons sont envoyés à un laboratoire LRE pendant l'enquête.

Configuration initiale¶

ID de l'ERM du Patient¶

Options de saisie des données pour l'ID de l'ERM du patient : Pour un échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé, l'ID de l'ERM du patient est généré à l'aide d'un code d'établissement prédéfini à trois lettres et d'un numéro de série pour identifier le patient (formaté à 3 chiffres).

• CAD/001
• CAD/002
• Etc.

Pour l'échantillonnage en cluster, l'identifiant du cluster, qui est un attribut distinct de l'entité suivie, est ajouté à l'identifiant de l'ERM du patient généré. Au stade de l'inscription, l'attribut se compose toujours du code de l'établissement et d'un numéro de série. Tous les ID d'échantillons de l'ERM sont générés à l'aide d'un code d'établissement prédéfini à trois lettres, d'un ID du cluster (formaté à 3 chiffres) et d'un numéro de série pour identifier le patient (formaté à 3 chiffres).

• CAD/002/001
• CAD/002/002
• Etc.

Les constantes¶

Le module TB de l' ERM comprend diverses caractéristiques qui permettent aux pays d'adopter facilement ses fonctionnalités et de les configurer en fonction des normes et des exigences nationales. La configuration initiale des constantes permet un tel paramétrage. La liste des paramètres configurables et le manuel sont fournis ci-dessous :

Échantillonnage en cluster / Échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé¶

Indiquer si le pays utilise l'échantillonnage Cluster ou l'échantillonnage exhaustif de tous les établissements de santé.

Constante	Paramètres	UID
L'échantillonnage en cluster	Valeur "1" = Inclure l'échantillonnage en cluster dans l'ERM. Valeur "0" = Exclure l'échantillonnage en cluster de l'ERM.	aYPQMlxAZsz

Nombre d'échantillons d'ERM envoyés au LNR{ #number-of-drs-samples-sent-to-nrl }¶

Configurer le nombre d'échantillons envoyés au traitement par le LNR

Constante	Paramètres	UID
Échantillon 2 pour le traitement au LNR	Valeur "1" = Ajouter à la configuration du programme l'échantillon 2 de l'ERM prélevé pour le traitement au LNR Valeur "0" = Supprimer l'échantillon 2 de l'ERM de la configuration du programme	rSS2dY6gwLJ
Échantillon 3 pour le traitement au LNR	Valeur "1" = Ajouter à la configuration du programme l'échantillon 3 de l'ERM prélevé pour le traitement au LNR Valeur "0" = Supprimer l'échantillon 3 de l'ERM de la configuration du programme	sqgp1l0s4wp
Échantillon 4 pour le traitement au LNR	Valeur "1" = Ajouter à la configuration du programme l'échantillon 4 de l'ERM prélevé pour le traitement au LNR Valeur "0" = Supprimer l'échantillon 4 de l'ERM de la configuration du programme	NXr7RH56Q1R

Tests de dépistage initiaux¶

Configurez les tests de dépistage initiaux utilisés pour la confirmation bactériologique de la tuberculose : Test de frottis d'expectoration microscopique, Xpert MTB/RIF ou les deux.

Constante	Paramètres	UID
Confirmation bactériologique de la tuberculose	Valeur "1" = Inclure à la fois le "test microscopique du frottis d'expectoration" et le "Xpert MTB/RIF" pour la confirmation bactériologique de la tuberculose. Valeur "2" = Inclure uniquement le "test microscopique du frottis d'expectoration" pour la confirmation bactériologique de la tuberculose. Valeur "3" = Inclure uniquement le "Xpert MTB/RIF" pour la confirmation bactériologique de la tuberculose.	gYj2CUoep4O

Traitement des échantillons LRE¶

Indiquer si le pays a la possibilité d'envoyer des échantillons au LRE (laboratoire supranational).

Constante	Paramètres	UID
LRE	Valeur « 1 » = inclure une option d'envoi d'échantillons au LRE Valeur « 0 » = exclure une option d'envoi d'échantillons au LRE	AUltNkQXzdm

Tests au LNR¶

Constante	Paramètres	UID
Microscopie du frottis d'expectoration	Valeur « 1 » = inclure le test de microscopie de frottis d'expectoration dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le test de microscopie de frottis d'expectoration de la liste des tests.	q1ah12sKfG3
Culture en Milieu Solide (par exemple LJ)	Valeur « 1 » = inclure la culture en milieu solide (par exemple LG) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure la culture en milieu solide (par exemple LG) de la liste des tests.	iSKEqcuVAui
Culture en Milieu Liquide (par exemple TICM)	Valeur « 1 » = inclure la Culture en Milieu Liquide (par exemple TICM) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure la Culture en Milieu Liquide (par exemple TICM) de la liste des tests.	qpAseG5vJyS
Xpert MTB/RIF	Valeur « 1 » = inclure le Xpert MTB/RIF dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le Xpert MTB/RIF de la liste des tests.	H4ObQDbhnTA
Xpert MTB/RIF Ultra	Valeur « 1 » = inclure le Xpert MTB/RIF Ultra dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le Xpert MTB/RIF Ultra de la liste des tests.	cFoFDkXKcXC
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide (p. ex. LJ)	Valeur « 1 » = inclure le TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide (par exemple LJ) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide (par exemple LJ) de la liste des tests.	HjN2Bgnusyy
TSM Phénotypique Initial en Milieu Liquide (par exemple TICM)	Valeur « 1 » = inclure le TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide (par exemple TICM) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide (par exemple TICM) de la liste des tests.	OQxeAIyQUeB
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide (p. ex. LJ)	Valeur « 1 » = inclure le TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide (par exemple LJ) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide (par exemple LJ) de la liste des tests.	BpRfvWQcvTo
LPA (Rif/Inh)	Valeur « 1 » = inclure le LPA (Rif/Inh) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le LPA (Rif/Inh) de la liste des tests.	ESUffSPwmju
LPA (Fq/2LI)	Valeur « 1 » = inclure le LPA (Fq/2LI) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le LPA (Fq/2LI) de la liste des tests.	govArZqiFzY
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide (p. ex. TICM)	Valeur « 1 » = inclure le TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide (par exemple TICM) dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide (par exemple TICM) de la liste des tests.	W8Fm1pJuJPL
Séquençage ciblé des gènes	Valeur « 1 » = inclure le séquençage génétique ciblé dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le séquençage génétique ciblé de la liste des tests.	KkypNdLNW1f
Séquençage du génome entier	Valeur « 1 » = inclure le SGE dans la liste des tests. Valeur « 0 » = exclure le SGE de la liste des tests.	MC7QUDr9YKC

Liste des médicaments disponibles¶

TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide (p. ex. LJ)
Constante	Paramètres	UID
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Rifampicine	Valeur « 1 » = inclure la rifampicine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la rifampicine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	Q67DDsupq7v
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Isoniazide (CC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	dAPAScvFPfX
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Isoniazide (PRC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	anpSc1tmlft
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Pyrazinamide	Valeur « 1 » = inclure le pyrazinamide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le pyrazinamide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Le pyrazinamide ne peut être testé qu'en milieu liquide.	aCaNdqUIDZl
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - L'éthambutol	Valeur « 1 » = inclure L'éthambutol dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure L'éthambutol de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	yxPHZFwMTN6
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - La lévofloxacine	Valeur « 1 » = inclure La lévofloxacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure La lévofloxacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	NlOX3oV4gWe
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - La moxifloxacine (CC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	RJNE1o9cw7Y
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - La moxifloxacine (PRC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	m4c79OHEKCG
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - L'amikacine	Valeur « 1 » = inclure l'amikacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'amikacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	XO1V9o5C95J
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - La bédaquiline	Valeur « 1 » = inclure La bédaquiline dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure La bédaquiline de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	UxcTzMRQsfa
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Le Delamanide	Valeur « 1 » = inclure le Delamanide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le Delamanide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	VUlsMrm4D8k
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - Le linézolide	Valeur « 1 » = inclure le linézolide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le linézolide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide.	CVQR2ZtZWxk
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Solide - La clofazimine	Valeur « 1 » = inclure la clofazimine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la clofazimine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu solide. La clofazimine ne peut être testé qu'en milieu liquide.	ZDpLleSK08x

TSM Phénotypique Initial en Milieu Liquide (par exemple TICM)
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La rifampicine	Valeur « 1 » = inclure la rifampicine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la rifampicine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	uOJYEwV7XfN
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - l'isoniazide (CC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	cRldkiBh5xv
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - l'isoniazide (PRC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	lqaf0KfpHGd
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La pyrazinamide	Valeur « 1 » = inclure La pyrazinamide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure La pyrazinamide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	FDtk4otxDse
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - L'éthambutol	Valeur « 1 » = inclure L'éthambutol dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure L'éthambutol de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	n9zOOsLO0QP
TSM Phénotypique Initiale en Milieu liquide - La lévofloxacine	Valeur « 1 » = inclure La lévofloxacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure La lévofloxacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	t7Okdm8VgDV
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La moxifloxacine (CC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	dgjpdQO2Iva
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La moxifloxacine (PRC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	UL61U78GWCg
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - L'amikacine	Valeur « 1 » = inclure l'amikacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'amikacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	x6v8O6EZo0U
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La bédaquiline	Valeur « 1 » = inclure La bédaquiline dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure La bédaquiline de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	KjvwSybuWJU
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - Le Delamanide	Valeur « 1 » = inclure le Delamanide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure le Delamanide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	BJTzi3WWjhT
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - Le linézolide	Valeur « 1 » = inclure le linézolide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure le linézolide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	aZq11UuXPP6
TSM Phénotypique Initiale en Milieu Liquide - La clofazimine	Valeur « 1 » = inclure La clofazimine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure La clofazimine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique initial en milieu liquide.	GL5JTtBvbEC

TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide (p. ex. LJ)
Constante	Paramètres	UID
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La rifampicine	Valeur « 1 » = inclure la rifampicine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la rifampicine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	zJoEjvstp2d
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - L'isoniazide (CC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	eM3UfUO7W8O
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - L'isoniazide (PRC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	s8WPR943gGS
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La pyrazinamide	Valeur « 1 » = inclure le pyrazinamide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le pyrazinamide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Le pyrazinamide ne peut être testé qu'en milieu liquide.	bHPYGfrFNV2
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - L'éthambutol	Valeur « 1 » = inclure L'éthambutol dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure L'éthambutol de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	wNxsAieLWYc
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La lévofloxacine	Valeur « 1 » = inclure la lévofloxacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la lévofloxacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	Fw8wOlTETPt
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La moxifloxacine (CC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	Czx5FuOqF9i
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La moxifloxacine (PRC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	NvA1K4hFJbc
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - L'amikacine	Valeur « 1 » = inclure l'amikacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure l'amikacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	dTwKm1u2VhY
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La bédaquiline	Valeur « 1 » = inclure la bédaquiline dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la bédaquiline de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	r70ONQRhaHY
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - Le Delamanide	Valeur « 1 » = inclure le Delamanide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le Delamanide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	RFqmLP5W5di
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - Le linézolide	Valeur « 1 » = inclure le linézolide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure le linézolide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide.	KIeI2d8xalG
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Solide - La clofazimine	Valeur « 1 » = inclure la clofazimine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. Valeur « 0 » = exclure la clofazimine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu solide. La clofazimine ne peut être testé qu'en milieu liquide.	bywBn5DxVdi

TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide (p. ex. TICM)
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La rifampicine	Valeur « 1 » = inclure la rifampicine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la rifampicine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	lelJEADYpeI
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - L'isoniazide (CC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	ZBpqH7xJLBO
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - L'isoniazide (PRC)	Valeur « 1 » = inclure l'isoniazide (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'isoniazide (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	F9DTb5zl8rS
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La pyrazinamide	Valeur « 1 » = inclure la pyrazinamide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la pyrazinamide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	VY15auehssY
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - L'éthambutol	Valeur « 1 » = inclure L'éthambutol dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure L'éthambutol de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	Ic5asMdbpH8
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La lévofloxacine	Valeur « 1 » = inclure la lévofloxacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la lévofloxacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	b1KgVOel21P
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La moxifloxacine (CC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (CC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (CC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	HhKitGif8RV
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La moxifloxacine (PRC)	Valeur « 1 » = inclure la moxifloxacine (PRC) dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la moxifloxacine (PRC) de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	xfltmyqC3p0
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - L'amikacine	Valeur « 1 » = inclure l'amikacine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure l'amikacine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	a4PpEfSutcV
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La bédaquiline	Valeur « 1 » = inclure la bédaquiline dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la bédaquiline de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	QaioqMbO0TX
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - Le Delamanide	Valeur « 1 » = inclure le Delamanide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure le Delamanide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	Xt5GU9kBD7q
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - Le linézolide	Valeur « 1 » = inclure le linézolide dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure le linézolide de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	mU5iEABeF2K
TSM Phénotypique Ultérieur en Milieu Liquide - La clofazimine	Valeur « 1 » = inclure la clofazimine dans la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide. Valeur « 0 » = exclure la clofazimine de la liste des médicaments disponibles pour le test du TSM phénotypique ultérieur en milieu liquide.	Nb6oHqjCCZq

LPA (Fluoroquinolones / produits injectables de seconde intention)
LPA (Fq/2Li) - L'éthambutol	Valeur "1" = inclure le résultat de l'éthambutol dans le test LPA (Fq/2LI). Valeur "0" = exclure le résultat d'éthambutol du test LPA (Fq/2LI).	AiyTLOJHMkl

Widget de la barre supérieure¶

Le widget de la barre supérieure de l'application Saisie du Tracker est utile à l'utilisateur chargé de la saisie des données pour avoir un aperçu instantané des informations concernant la TEI (cas) chaque fois que l'inscription de la TEI est ouverte dans le cadre de ce programme.

Le tableau ci-dessous résume les indicateurs et les variables de programme affichés dans le widget de la barre supérieure et la manière dont ils sont calculés. Le « type » indique si une variable particulière est configurée comme un indicateur de programme avec l'option "afficher dans le formulaire" activée, ou si elle est calculée et affichée à l'aide des règles du programme.

Variable	Type	Calcul
Âge actuel (années)	Indicateur de programme	Nombre d'années entre la date actuelle et l'attribut d'entité suivi "Date de naissance (âge)".
Historique du traitement	Règle du programme	Antécédents de traitement sur la base du formulaire de rapport de cas (nouveau/précédemment traité)
Résistance (Rif, Inh, Fq)	Règle du programme	Liste des médicaments pour lesquels une résistance aux médicaments a été détectée et enregistrée dans le LNR - échantillons de l'ERM 1-4 étapes

Validation¶

Les formulaires de saisie contiennent plusieurs contrôles de validation des dates. Il s'agit notamment de :

• La date de la séropositivité ne peut en aucun cas être antérieure à la date de naissance.
• La date du début du traitement précédent ne peut être antérieure à la date de naissance
• Les dates de résultats des tests de culture et de TSM ne peuvent être antérieures aux dates d'inoculation
• Les dates de test ne peuvent pas précéder les dates de prélèvement des échantillons
• La date d'expédition de l'échantillon ne peut pas précéder la date de prélèvement de l'échantillon
• La date d'arrivée de l'échantillon ne peut pas précéder la date d'expédition

Des contrôles de validation supplémentaires peuvent être mis en place.

Widget de commentaires¶

Les messages de retour d'information suivants sont configurés de manière à s'afficher dans le widget de retour d'information lorsque certaines conditions sont remplies, comme indiqué dans le tableau ci-dessous :

Message	Condition
Vous avez saisi un résultat de laboratoire avant la date de prélèvement de l'échantillon. La date du résultat de laboratoire doit être identique ou postérieure à la date de prélèvement de l'échantillon. Veuillez vérifier les deux dates.	Erreur: La date du résultat du laboratoire précède la date du prélèvement de l'échantillon
Vous avez saisi un résultat de laboratoire avant la date d'inoculation. La date du résultat de laboratoire doit être égale ou postérieure à la date d'inoculation. Veuillez vérifier les deux dates.	Erreur: La date du résultat de laboratoire précède la date d'inoculation.
La réponse "Oui" a été attribuée automatiquement. Le patient est soit déjà inscrit pour un traitement contre la tuberculose et/ou a confirmé un traitement antérieur contre la tuberculose.	Avertissement: Le statut de l'historique des traitements précédents est attribué automatiquement en fonction des réponses données dans le formulaire de rapport de cas.
Si le dépistage initial est basé sur l'examen microscopique de > 2 échantillons, ajouter uniquement les 2 échantillons présentant la charge bactérienne la plus élevée.	Avertissement: L'utilisateur ne peut ajouter que les données de dépistage de deux échantillons uniquement.

Analyses et indicateurs¶

Cette section décrit les tableaux de bord et les analyses qui ont été configurés pour un utilisateur analyste.

Le package est accompagné des indicateurs et tableaux de bord suivants :

• ERM - 01. Inscription
• Les données d'inscription cumulées et les données d'inscription pour les 12 derniers mois
  • Nombre total de patients inscrits
  • Inscription de nouveaux patients
  • Patients précédemment traités inscrits
  • Patients inscrits dont les antécédents de traitement sont inconnus
  • Les patients inscrits par établissement
• ERM - 02. Rapport sur les données manquantes :
• Rapport sur les données manquantes indiquant, sur l'ensemble des patients inscrits, combien de résultats manquent pour la classification finale des antécédents de traitement, l'âge, le sexe et le VIH.
• Liste de lignes des données manquantes
• ERM - 03. Acheminement des échantillons, traitement en laboratoire et résultats des tests (généralités)
• Délai d'exécution pour l'acheminement et le traitement des échantillons
  • Nombre de jours entre la collecte de l'échantillon et son arrivée au NTRL
  • Délai d'exécution des échantillons - tableau des pourcentages cumulés
  • Nombre moyen de jours entre le prélèvement de l'échantillon et son arrivée au NTRL
• Résultats du laboratoire
  • Pourcentage d'échantillons rejetés à l'arrivée au NTRL
  • Progrès dans le traitement des échantillons pour tous les tests disponibles
• ERM - 04. Microscopie
• Les échantillons et les patients avec les résultats de l'examen microscopique
• Résultats des tests microscopiques par patient
• ERM - 05. Xpert MTB/RIF
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et patients testés avec Xpert MTB/RIF
• Les patients dont plusieurs échantillons ont été testés par Xpert MTB/RIF
• Détection du MTB
• Résistance à la rifampicine
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 06. Xpert MTB/RIF Ultra
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et patients testés avec Xpert MTB/RIF Ultra
• Les patients dont plusieurs échantillons ont été testés par Xpert MTB/RIF Ultra
• Détection du MTB
• Résistance à la rifampicine
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 07. Culture en milieu solide (par exemple : LJ)
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par culture en milieu solide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 08. Culture en milieu liquide (par exemple : TICM)
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par culture en milieu liquide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 09. TSM initial en milieu solide (par exemple LJ)
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par TSM initiale en milieu solide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 10. TSM initial en milieu liquide (par exemple TICM)
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par TSM initiale en milieu liquide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 11. TSM ultérieure en milieu solide (par exemple LJ)
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par TSM ultérieure en milieu solide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 12. TSM ultérieure en milieu liquide (par exemple TICM)
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients ayant plusieurs échantillons testés par TSM ultérieure en milieu liquide
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 13. LPA (Rif/Inh)
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients dont plusieurs échantillons ont été testés par LPA (Rif/Inh)
• Détection du MTB
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 14. LPA (Fq/2LI)
• Délai de traitement des échantillons
• Les échantillons et les patients testés
• Les patients dont plusieurs échantillons ont été testés par LPA (Fq/2LI)
• Détection du MTB
• Résultats des tests par patient
• Résultats des tests par échantillon
• ERM - 15. Cartes
• RR-Patients atteints de tuberculose (par établissement de santé)
• Les patients atteints de tuberculose résistante à l'isoniazide et sensible à la rifampicine (par établissement de santé)
• RR-Patients atteints de tuberculose résistante à la Fq (par établissement de santé)

Si un pays n'utilise pas certains tests de la liste dans les LNR, les tableaux de bord correspondants peuvent être supprimés.

Groupes d'utilisateurs¶

Les groupes d'utilisateurs suivants font partie du module TB de l'ERM :

• ERM - Admin : peut éditer/visualiser les métadonnées ; pas d'accès aux données [toutes les étapes du programme].
• ERM - Saisie des données : peut visualiser les métadonnées, peut saisir les données [toutes les étapes du programme]
• ERM - Accès : peut consulter les métadonnées, peut consulter les données [toutes les étapes du programme].

Références¶

• Guide de bonnes pratiques cliniques et de gestion des données pour les enquêtes nationales sur la tuberculose. Genève : Organisation mondiale de la santé ; 2021.
• Guide pour la surveillance de la résistance aux médicaments de la tuberculose - Sixième édition. Genève : Organisation mondiale de la santé ; 2021.