COVID-19 Surveillance Line-list Design¶
Demo: https://covid.dhis2.org
Účel¶
Dokument Návrh programu systému sledování událostí COVID-19 poskytuje přehled principů návrhu a pokynů použitých k vývoji balíčku digitálních dat pro souhrnný dohled COVID-19. Tento dokument je určen k použití implementátory DHIS2 na národní a regionální úrovni, aby mohli podporovat implementaci a lokalizaci balíčku. Balíček metadat COVID-19 lze přizpůsobit místním potřebám a národním pokynům. Při lokalizaci a přijímání programů obsažených v tomto balíčku by měly být brány v úvahu zejména místní pracovní toky a národní pokyny.
Pozadí¶
Balíček digitálních dat COVID-19 byl vyvinut v reakci na výslovnou potřebu zemí rychle přizpůsobit řešení pro správu dat COVID-19. UiO vyvinula sledovací balíčky COVID-19 pro tři typy datových modelů (trasovač, agregace založené na událostech), aby umožnila zemím vybrat model, který je nejvhodnější pro jejich kontext s ohledem na zátěž nemocí a dostupné zdroje. Níže jsou shrnuty tyto modely a jejich relativní výhody / omezení:
| Typ balíčku sledování | Sledování případu (Trasovač) | Sledování (událost) | Pozorování (Agregované) |
|---|---|---|---|
| Popis | Zapište případ a sleduje časem laboratorní potvrzení a výsledek případu | Zachycuje podrobnosti kritických případů ve formátu seznamu řádků | Umožňuje denní nebo týdenní hlášení klíčových agregovaných datových bodů |
| Výhody | Vysoce strukturovaná data a více časových dimenzí pro analýzu mohou podporovat decentralizovaný pracovní postup, všechny události spojené s případem | Podrobnější než agregované a dokáže zachytit klíčové časové dimenze (tj. Datum zprávy vs. nástup příznaků); snížená zátěž při zadávání dat ve srovnání se trasovačem a malá složitost | Nízká složitost, snadná implementace, zvládnutelnost, když je počet případů vysoký |
| Nevýhody | Břemeno zadávání dat může být ohromující, když počet případů dosáhne prahové hodnoty; složitost implementace | Nepodporuje sledování případů ani jiné decentralizované pracovní postupy | Menší podrobnost pro podrobnou analýzu (tj. Analýza pouze na základě data hlášení případu, omezené členění) |
Tento dokument se vztahuje pouze na návrh programového balíčku událostí dozoru; pro DHIS2 Trasovač a agregované balíčky jsou k dispozici samostatné dokumenty návrhu systému.
WHO „žádá všechny země, aby se připravily na potenciální příchod COVID-19 tím, že připraví systémy reakce na mimořádné události; zvýšení kapacity pro odhalování a péči o pacienty; zajištění toho, aby nemocnice měly prostor, zásoby a potřebný personál; a vývoj záchranných lékařských zásahů.“
Cíle dozoru COVID-19 jsou:
- sledovat trendy choroby, při které dochází k přenosu z člověka na člověka;
- rychle odhalit nové případy v zemích, kde virus necirkuluje;
- a poskytovat epidemiologické informace k provádění hodnocení rizik na národní, regionální a globální úrovni; a
- poskytovat epidemiologické informace jako vodítko pro opatření připravenosti a reakce.
Návrh systému vychází ze stávajících zásad dozoru nad chorobami a požadavků na informační systém, které byly vyvinuty ve spolupráci WHO a UiO od roku 2017. Balíček COVID-19 byl vyvinut s úmyslem sladit s technickými pokyny WHO pro dozor a případy nCoV-19 definice, naposledy aktualizováno 20. března 2020. Upozorňujeme, že tento návrh nemusí nutně odrážejí nejnovější dostupné prozatímní globální pokyny vyvinuté WHO, protože aktualizace mohou být vydávány rychle. Národní směrnice a zásady se mohou lišit a doporučuje se přizpůsobit tento balíček místním kontextům.
Souhrn návrhu systému¶
Tento balíček je navržen jako DHIS2 Event Program. Program událostí není určen k zachycení všech proměnných údajů obsažených v šabloně pro hlášení případů WHO. Chcete-li zachytit kompletní soubor proměnných hlášení případů WHO, nahlédněte do DHIS2 COVID-19 Case-based Surveillance Tracker. Program událostí je spíše zjednodušený program, který zachycuje podmnožinu minimálních kritických datových bodů, aby usnadnil vysokou kvalitu údajů v případech, kdy počet případů nebo zátěž hlášení přesahuje kapacitu pro úspěšné vyplnění celého seznamu řádků pro podezření na případy COVID-19. Pro realizátory, kteří si přejí zachytit kompletní line-list WHO, je určen balíček pro sledování případů COVID-19.
Datový balíček COVID-19 Surveillance Event Program obsahuje:
- Hlášení událostí a datových prvků v programu událostí
- Základní indikátory
- Ovládací panel
Use Case: Simplified line-listing of COVID-19 cases¶
Vzhledem k rychlému nárůstu počtu případů mohou mít některé země s hlášením případů problémy, protože zátěž bude příliš vysoká. Balíček událostí je navržen tak, aby zachycoval nejkritičtější datové body v podobě řádkového seznamu a analytických kapacit pro dohled a reakci. Balíček událostí je navržen jako samostatný program. Země však mohou balíček událostí používat v kombinaci s dalšími balíčky (tj. hlášení o událostech a denní souhrnné hlášení); nebo mohou přecházet od sledování událostí k souhrnnému hlášení, jakmile se zvýší počet případů a zátěž hlášení. _Země by měly pečlivě naplánovat, jak hodlají tyto balíčky v kombinaci implementovat, včetně toků hlášení, přechodu z jednoho datového modelu na druhý a způsobu zachování historických dat pro analýzu v případě přechodu mezi datovými modely. _
Návrh programu pro vypisování řádků založeného na událostech předpokládá, že definice případů WHO jsou dodrženy v případě použití; země by se měly řídit vnitrostátními definicemi případů pro klasifikaci případů jako podezřelých, pravděpodobných nebo potvrzených.
Předpokládaní uživatelé¶
- Uživatelé zdravotnických zařízení: zachyťte a nahlaste klíčová data o případech a úmrtích COVID-19 ve zdravotnickém zařízení
- Národní a místní zdravotní úřady: monitorují a analyzují údaje o sledování nemocí prostřednictvím ovládacích panelů a analytických nástrojů k provádění hodnocení rizik a plánování opatření reakce; generovat zprávy pro regionální a globální zprávy
Pracovní postup¶
Na rozdíl od trasovacího programu existují omezení decentralizace pracovního postupu hlášení dat v programu událostí. Nejvýznamnějším omezením je, že výsledek případu (uzdravení nebo úmrtí) není často znám až do dnů nebo týdnů po nahlášení případu. Aktuální návrh programu umožňuje následující možnosti pracovního postupu:
-
Událost se vytvoří, když je nahlášen podezřelý případ. Jsou zadány všechny známé údaje, ale událost není dokončena. Uživatel může vybrat "aktivní událost" z pracovního seznamu na základě uživatelských filtrů a kritérií. Jakmile jsou k dispozici chybějící údaje (tj. výsledek případu), může uživatel zadat zbývající datová pole a událost dokončit. Případy lze v seznamu událostí identifikovat pomocí datového prvku Case ID. Jako příklad viz obrázek níže, který je přístupný v aplikaci Capture App:

Capture App -
Událost je vytvořena. Všechny údaje související s případy se zadávají zpětně, včetně výsledku. Událost je dokončena. Omezením tohoto přístupu je včasnost vykazování údajů, protože nové podezřelé případy nemusí být zachyceny až do jejich výsledku, který je často příliš pozdě na rozhodování.
Struktura programu¶
Tento program se nazývá „Případy (události) COVID-19“
| Sekce | Popis |
|---|---|
| Datum zprávy | Datum události Země mohou datum události přejmenovat, aby se vztahovalo na jejich protokoly. |
| Část 1 Základní informace | Zaznamenává základní demografické údaje. Země mohou podle potřeby přidávat datové prvky. - ID pacienta Lze použít k filtrování událostí v pracovních seznamech, např. Aktivní události - Pohlaví - Věk |
| Část 2 Podrobnosti případu | Zaznamenává informace o případu včetně příznaků, závažnosti, testování atd. - Příznaky Možnosti: Ano / Ne Určuje, zda má případ v době oznámení nějaké příznaky Datum nástupu příznaků Zobrazí se, pouze pokud jsou přítomny příznaky; Datum nástupu příznaků, pokud je k dispozici, nahradí v analýze a hlášení dat „Datum hlášení“. - Závažnost případu (v době oznámení) Možnosti: Mírné / Střední / Těžké / Kritické - Laboratorně testováno? Možnosti: Ano / Ne / Neznámý Určuje, zda byl případ laboratorně testován na COVID-19 - Výsledek testu Zobrazí se pouze v případě, že byl případ laboratorně testován Možnosti: Nejasný / Pozitivní / Negativní / Neznámý Program je navržen tak, aby zachytil pouze konečný výsledek testu. Výsledky jednotlivých testů (jsou-li k dispozici) a celkový počet provedených testů se nezachycují. - Klasifikace případů Možnosti: Podezřelý případ / Pravděpodobný případ / Laboratorně potvrzený případ Automaticky přiřazené hodnoty Hodnoty jsou přiřazeny pravidly programu v souladu s definicemi případu WHO Tato funkce může být užitečná při filtrování aktivních případů v pracovních seznamech. |
| Část 3 Expozice | - Cestoval případ 14 dní před nástupem příznaků? Možnosti: Ano / Ne / Neznámý Určuje historii cestování případu. - Pravděpodobný zdroj infekce Možnosti: Importovaný případ* / Místní přenos / Nakažení neznámé * Možnost importovaného případu se zobrazí pouze v případě, že případ vycestoval do 14 dnů před nástupem příznaků - Uveďte místní zdroj Zobrazí se, pouze pokud je pravděpodobným zdrojem infekce místní přenos Možnosti: Komunita (pracoviště, veřejná doprava atd.) / Domácnost / Zdravotnické zařízení / Blízký kontakt s jiným infikovaným jednotlivcem / Neznámé nakažení Typ případu Možnosti: Nový případ indexu / Propojeno se stávajícím klastrem / Neznámý Určuje, zda je případ připojen ke stávajícímu klastru nebo jde o nový případ indexu |
| Část 4 Léčba | - Hospitalizován Možnosti: Ano / Ne - Dostal případ péči na jednotce intenzivní péče (JIP)? Zobrazí se pouze v případě, že je případ hospitalizován Možnosti: Ano / Ne |
| Část 5 Kontakty | - Celkový počet kontaktů sledovaných v tomto případě Zaznamenává počet kontaktů |
| Část 6 Výsledek | - Výsledný zdravotní stav Možnosti: Uzdravení / Úmrtí |
| Část 7 Přiřazeno Datum nástupu příznaků | - Vypočítané datum nástupu (pro indikátory) Tato část se používá pouze k výpočtu indikátorů na základě data zprávy vs. data nástupu příznaků] Toto automaticky přiřazené datum se používá v indikátorech programu. Zpočátku je to datum zprávy. Pokud je k dispozici datum nástupu příznaků, je datum nahrazeno datem nástupu příznaků. |
| Status | Toto je obecné pole obsažené ve všech programech událostí úplná událost Možnost: ano Událost by měla být označena jako „úplná“, pouze pokud bylo dokončeno zadávání všech údajů. Pokud uživatel čeká na vyplnění určitých polí (například výsledek případu), událost by neměla být dokončena. Události, které nejsou označeny jako „Dokončeno“, jsou udržovány jako aktivní a lze je snáze vyhledat uživatelem v pracovním seznamu |
| Část 9 Komentáře | - Komentáře Nepovinné komentáře a poznámky. Tyto komentáře se v analytice nezobrazí a lze k nim přistupovat pouze prostřednictvím aplikace Capture, která slouží k zadávání údajů uvedených v řádcích. |
Skupiny uživatelů¶
V balíčku metadat jsou zahrnuty následující skupiny uživatelů:
- Správce COVID19 - je určen pro správce systému, aby měli práva upravovat metadata
- Zachycení dat COVID19 - je určeno pro zaměstnance zadávající data, aby měli přístup ke shromažďování dat
- Přístup COVID19 - je určen pro uživatele, například analytiky, kteří by měli mít možnost prohlížet data, ale ne upravovat metadata.
V současné době mají přístup ke sběru dat v programu pouze uživatelé zařazení do skupiny pro sběr dat COVID19. Další pokyny naleznete v pokynech k instalaci.
Pravidla programu¶
Pro program byla nakonfigurována následující pravidla programu:
| Název pravidla programu | Popis pravidla programu |
|---|---|
| Přiřaďte prázdnou hodnotu klasifikaci třídy | Automatizace: Přiřazení prázdné hodnoty klasifikaci třídy |
| Přiřadit datum události | Automatizace: Přiřadit datum události, pokud není k dispozici datum zahájení |
| Přiřadit „Laboratorně potvrzený případ“ ke klasifikaci případů | Automatizace: Přiřaďte „Laboratorně potvrzený případ“ ke klasifikaci případů |
| Přiřadit datum zahájení | Automatizace: Přiřadit datum nástupu příznaků, pokud je k dispozici |
| Přiřadit „Pravděpodobný případ“ ke klasifikaci případů | Automatizace: Přiřadit „Pravděpodobný případ“ ke klasifikaci případů |
| Přiřadit „Podezřelý případ“ ke klasifikaci případů | Automatizace: Přiřadit Podezřelý případ ke klasifikaci případů |
| Skrýt pole klasifikace případů | Skrýt pole klasifikace případů, dokud nebude zodpovězena otázka laboratorního testu |
| Skrýt pole JIP | Skrýt pole JIP, pokud nebude hospitalizován |
| Skrýt 'Importovaný případ' | Pokud necestoval, skrýt „dovezený případ“ |
| Skrýt datum nástupu příznaků | Skrýt datum počátku příznaků, pokud se neobjeví žádné příznaky |
| Skrýt možnosti výsledku | Skrýt irelevantní možnosti výsledku |
| Skrýt 'Specifikujte místní zdroj infekce' | Skrýt možnost „Specifikovat místní zdroj infekce“ pokud není vybrán místní přenos. |
| Skrýt pole výsledku testu | Skrýt pole s výsledky testu, dokud na otázku laboratorního testu neodpovíte ano |
| Skrýt možnosti výsledku testu | Skrýt irelevantní možnosti výsledku testu |
| Skrýt neznámé možnosti | Skrýt irelevantní neznámé možnosti |
Více o pravidlech programu si můžete přečíst zde:
https://docs.dhis2.org/master/en/user/html/configure_program_rule.html
Indicators and Program Indicators¶
Z údajů zachycených v programu s řádkovým výpisem COVID-19 můžeme vypočítat následující indikátory, včetně indikátorů doporučených WHO pro denní a týdenní reportování, prezentovat je na ovládacím panelu. Všechny indikátory programu COVID-19 založené na programu událostí jsou přiřazeny skupině indikátorů programu „Události COVID-19“.
| COVID-19 - Případy přijaté na jednotce intenzivní péče (JIP) | COVID-19 Případy přijaté na jednotce intenzivní péče (JIP) |
| COVID-19 - Případy nakažení prostřednictvím zdravotnického zařízení | Případy, kdy existuje podezření na infekci v prostředí zdravotní péče |
| COVID-19 - Případy infikované komunitním přenosem | Případy, kdy existuje podezření na infekci šířením komunity |
| COVID-19 - Případy infikované přenosem z domácnosti | Případy, kdy existuje podezření na infekci v domácnosti |
| COVID-19 - Případy infikované místním přenosem | Případy, kdy je podezření, že k infekci došlo lokálně, nikoli v jiné zemi |
| COVID-19 - Případy infikované jiným kontaktem s jiným infikovaným jednotlivcem | Případy, kdy existuje podezření na infekci jiným blízkým kontaktem s infikovanou osobou (kromě těch, které jsou uvedeny v seznamu: domácnost, známý klastr, HCF) |
| COVID-19 - Případy spojené se známým klastrem | Případy, u nichž existuje podezření na infekci spojením se známým klastrem případů |
| COVID-19 - Případy s neznámým nakažením | Případy, kdy není znám zdroj infekce nebo nakažení |
| COVID-19 - Úmrtí | Úmrtí související s COVID-19 (úmrtí zaznamenaná u všech podezřelých případů) |
| COVID-19 - potvrzené hospitalizované případy | Počet potvrzených případů, které byly přijaty do nemocnice |
| COVID-19 - importované případy | Případy, kdy je pravděpodobný zdroj infekce zaznamenán jako jiná země nebo dovezený z jiné země. |
| COVID-19 - Laboratorně potvrzené případy | Podezřelé případy, které byly potvrzeny laboratorním testováním (lze provést více laboratorních testů; tento indikátor předpokládá, že výsledek posledního testu je „pozitivní“); zobrazeno podle data zprávy |
| COVID-19 - Laboratorně potvrzené případy - podle nástupu příznaků | Podezřelé případy, které byly potvrzeny laboratorním testováním (lze provést více laboratorních testů; tento indikátor předpokládá, že výsledek posledního testu je „pozitivní“); zobrazeno podle data nástupu příznaků |
| COVID-19 - Laboratorně testované případy | Počet podezřelých případů, které byly podrobeny laboratornímu testu (včetně neprůkazných výsledků laboratorních testů) |
| COVID-19 - Pravděpodobné případy | Podezřelé případy s neprůkaznými laboratorními výsledky nebo netestované z jakéhokoli důvodu k datu nahlášení |
| COVID-19 - Pravděpodobné případy - podle nástupu příznaků | Podezřelé případy s neprůkaznými laboratorními výsledky nebo netestované z jakéhokoli důvodu podle data nástupu příznaků |
| COVID-19 – obnovené případy | Počet uzdravených případů (podle data nástupu příznaků) |
| COVID-19 - Podezřelé případy | Celkový počet případů s podezřením na COVID-19 podle data nahlášení |
| COVID-19 - Podezření na případy - podle nástupu příznaků | Celkový počet případů s podezřením na COVID-19 podle data nástupu příznaků |
| COVID-19 – Podezřelé případy nebyly testovány | Celkový počet podezřelých případů bez laboratorního výsledku |
| Událost COVID-19 – úmrtnost případů | Úmrtí související s COVID-19 (úmrtí zaznamenaná u všech podezřelých případů) |
| COVID-19 Úmrtí podle pohlaví a věkových skupin | Muž, 0-4, 5-14, 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ Žena, 0-4, 5-14 , 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ |
| COVID-19 Potvrzené případy podle pohlaví a věkové skupiny | Muž, 0-4, 5-14, 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ Žena, 0-4, 5-14 , 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ |
| COVID-19 Podezřelé případy podle pohlaví a věkové skupiny | Muž, 0-4, 5-14, 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ Žena, 0-4, 5-14 , 15-24, 25-34, 35-44, 45-54, 55-64, 65-74, 75-84, 85+ |
Reference¶
- Sada nástrojů pro sledování, odezvu a očkování COVID-19
- WHO Technické pokyny pro dohled nad COVID-19 a definice případů (poslední aktualizace 20. března 2020) https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/surveillance-and-case-definitions
- Datový slovník WHO pro formulář hlášení případů COVID-19 https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/2020-02-27-data-dictionary-en.xlsx
- Laboratorní testování WHO na nový koronavirus z roku 2019 (2019-nCoV) v případech podezření u člověka (poslední aktualizace 2. března 2020) https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117
- Úvahy WHO při vyšetřování případů a klastrů COVID-19 (naposledy aktualizováno 13. března 2020)https://www.who.int/internal-publications-detail/considerations-in-the-investigation-of-cases-and-clusters-of-covid-19
- Zprávy o situaci koronaviru WHO https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports