COVID-19 Surveillance - Aggregate System Design Guide¶
Účel¶
Dokument COVID-19 Surveillance Aggregate System Design poskytuje přehled principů návrhu a pokynů použitých k vývoji balíčku digitálních dat pro souhrnný dohled COVID-19. Tento dokument je určen k použití implementátory DHIS2 na národní a regionální úrovni, aby mohli podporovat implementaci a lokalizaci balíčku. Balíček metadat COVID-19 lze přizpůsobit místním potřebám a národním pokynům. Při lokalizaci a přijímání programů obsažených v tomto balíčku by měly být brány v úvahu zejména místní pracovní toky a národní pokyny.
Pozadí¶
Tento agregovaný design byl aktualizován, aby odrážel nové požadavky na souhrnné hlášení z Global surveillance of COVID-19: WHO process for reporting aggregated data, naposledy aktualizováno 7. srpna 2020. Balíček digitálních dat COVID-19 byl vyvinut v reakci na výslovnou potřebu zemí rychle přizpůsobit řešení pro správu dat COVID-19. UiO vyvinula trasovací balíčky COVID-19 pro tři typy datových modelů (trasovač, agregace založené na událostech), aby umožnila zemím vybrat model, který je nejvhodnější pro jejich kontext s ohledem na zátěž nemocí a dostupné zdroje. Níže jsou shrnuty tyto modely a jejich relativní výhody / omezení:
| Typ sledovacího balíčku | Sledování na základě případu (Trasovač) | Řádkový výpis sledování událostí (událost) | Sledování případů (souhrn) |
|---|---|---|---|
| Popis | Zapište případ a sleduje časem laboratorní potvrzení a výsledek případu | Zachycuje podrobnosti kritických případů ve formátu seznamu řádků | Umožňuje týdenní hlášení klíčových agregovaných datových bodů |
| Výhody | Vysoce strukturovaná data a více časových dimenzí pro analýzu mohou podporovat decentralizovaný pracovní postup, všechny události spojené s případem | Podrobnější než agregované a dokáže zachytit klíčové časové dimenze (tj. Datum zprávy vs. nástup příznaků); snížená zátěž při zadávání dat ve srovnání se trasovačem a malá složitost | Nízká složitost, snadná implementace, zvládnutelnost, když je počet případů vysoký |
| Nevýhody | Břemeno zadávání dat může být ohromující, když počet případů dosáhne prahové hodnoty; složitost implementace | Nepodporuje sledování případů ani jiné decentralizované pracovní postupy | Menší podrobnost pro podrobnou analýzu (tj. Analýza pouze na základě data hlášení případu, omezené členění) |
Tento dokument se týká pouze designu agregovaného balíčku; pro balíčky DHIS2 Tracker a Line-listing (založené na událostech) jsou k dispozici samostatné dokumenty o návrhu systému. Vzhledem k rychlému nárůstu případů mohou některé země bojovat s podáváním zpráv podle jednotlivých případů, protože zátěž je příliš vysoká. Agregovaný balíček je navržen tak, aby splňoval nejkritičtější požadavky na podávání zpráv a analytické kapacity pro dohled a reakci.
Cíle dozoru COVID-19 jsou:
- sledovat trendy choroby, při které dochází k přenosu z člověka na člověka;
- rychle odhalit nové případy v zemích, kde virus necirkuluje;
- a poskytovat epidemiologické informace k provádění hodnocení rizik na národní, regionální a globální úrovni; a
- poskytovat epidemiologické informace jako vodítko pro opatření připravenosti a reakce.
Návrh systému vychází ze stávajících zásad dozoru nad chorobami a požadavků na informační systém, které byly vyvinuty ve spolupráci WHO a UiO od roku 2017. Balíček COVID-19 byl vyvinut s úmyslem sladit s technickými pokyny WHO pro dozor a definice případů nCoV-19, naposledy aktualizováno 7. srpna 2020. Upozorňujeme, že tento návrh nemusí nutně odrážejí nejnovější dostupné prozatímní globální pokyny vyvinuté WHO, protože aktualizace mohou být vydávány rychle. Národní směrnice a zásady se mohou lišit a doporučuje se přizpůsobit tento balíček místním kontextům.
Souhrn návrhu systému¶
Při vývoji tohoto konfiguračního balíčku bylo vyvinuto úsilí dodržovat obecné zásady návrhu UiO a společnou konvenci pojmenování.
Souhrnný balíček dozoru COVID-19 obsahuje
- Týdenní souhrnná datová sada a datové prvky pro klíčové sledovací zprávy COVID-19
- Kategorie pro členění dat
- Základní indikátory
- Ovládací panel a jeho položky
Datová sada zachycuje minimální počet datových bodů, které splňují aktuální požadavky WHO na týdenní podávání zpráv; a vygenerovat základní sadu indikátorů a ovládacích panelů pro rozhodovací orgány na národní i nižší úrovni, aby rychle analyzovaly a reagovaly na trendy v nemoci.
| Název | Periodicita | Účel |
|---|---|---|
| Souhrnný týdenní dohled | Týdně | Hlášení klíčových údajů z trasování COVID-19 včetně případů, testů a úmrtí. |
Doporučuje se, aby byl týdenní datový soubor přiřazen organizačním jednotkám na nejnižší úrovni zdravotnického systému, který je vhodný pro vykazování údajů, jako jsou zdravotnická zařízení.
Digital data packages are optimized for Android data collection with the DHIS2 Capture App, free to download on the GooglePlay store.
Předpokládaní uživatelé¶
- Uživatelé zdravotnických zařízení: zachyťte a nahlaste klíčová data o případech a úmrtích COVID-19 ve zdravotnickém zařízení
- Dozorčí úředníci: dozorčí úředníci na národní a nižší než národní úrovni mohou být odpovědní za podporu zadávání a analýzy údajů.
- Národní a místní zdravotní úřady: monitorují a analyzují údaje o sledování nemocí prostřednictvím ovládacích panelů a analytických nástrojů k provádění hodnocení rizik a plánování opatření reakce; generovat zprávy pro regionální a globální zprávy
Datové sady¶
Tento soubor dat je určen k zachycení týdenních dat potřebných pro rychlou reakci na přenos nemoci. Pokud se zpravodajské břemeno stane příliš velkým nebo když již nebude považováno za nouzovou situaci v zemi, může být soubor dat změněn na měsíční podle zásad Ministerstva Zdravotnictví.
Daily Surveillance Data Elements¶
V následující části jsou uvedeny datové prvky a členění (kombinace kategorií) obsažené v datové sadě:
| Datové prvky | Kombinace kategorií |
|---|---|
| Nové potvrzené případy | Pohlaví (Muž / Žena / Neznámé) a Věk (0-4,5-9,10-14,15-19,20-29,30-39,40-49,50-59,60-64,65-69,70-74,75-79,80+, neznámý věk) |
| Nové pravděpodobné případy | Pohlaví (Muž / Žena / Neznámé) a Věk (0-4,5-9,10-14,15-19,20-29,30-39,40-49,50-59,60-64,65-69,70-74,75-79,80+, neznámý věk) |
| Nové potvrzené úmrtí | Pohlaví (Muž / Žena / Neznámé) a Věk (0-4,5-9,10-14,15-19,20-29,30-39,40-49,50-59,60-64,65-69,70-74,75-79,80+, neznámý věk) |
| Nové pravděpodobné úmrtí | Pohlaví (Muž / Žena / Neznámé) a Věk (0-4,5-9,10-14,15-19,20-29,30-39,40-49,50-59,60-64,65-69,70-74,75-79,80+, neznámý věk) |
| Nové hospitalizované případy | Žádný |
| Nové propuštěné případy | Žádný |
| Nové případy mezi zdravotníky (potvrzeny + pravděpodobné) | Žádný |
| Nová úmrtí zdravotnických pracovníků (potvrzeno + pravděpodobné) | Žádný |
| Počet osob testovaných na COVID-19 | Žádný |
| Počet osob testovaných pomocí PCR testu | Žádný |
| Klasifikace přenosu | Žádný |
Weekly Surveillance Data Entry Form¶
- Část 1: Nové potvrzené a pravděpodobné případy
Data should be entered for all new confirmed and probable cases reported during the reporting period. Confirmed cases refer to laboratory confirmed cases per WHO guidance; probable cases are defined by WHO as cases where laboratory test result is inconclusive; however countries may apply their own case definitions. The total column is automatically summed during data entry. 
- Část 2: Nová potvrzená a pravděpodobná úmrtí
Je třeba zadat údaje o nových potvrzených a pravděpodobných úmrtích hlášených během sledovaného období. Během zadávání dat se sloupec součtu automaticky sčítá.
- Část 3: Infekce a úmrtí zdravotnických pracovníků
Tato část zachycuje data pro zdravotnické pracovníky' nové potvrzené a pravděpodobné případy, včetně úmrtí hlášených během sledovaného období.
- Ćást 4: Hospitalizace a propuštění
Tato část obsahuje údaje o nové hospitalizaci a propuštění během sledovaného období.
- Část 5: Provedené testy
Tato část obsahuje údaje pro testy prováděné s dalším požadavkem na hlášení testů prováděných pomocí PCR během vykazovaného období
- Část 6: Klasifikace přenosu
Tato část shrnuje hlavní formu klasifikace přenosu, se kterou se setkává nahlašovací jednotka.
Přizpůsobení formulářů pro zadávání dat¶
The dataset in this package does not contain a custom form. To improve the usability of the form for data entry, implementers may design a custom form to meet their needs by following the DHIS2 User manual: https://docs.dhis2.org/2.33/en/user/html/dhis2_user_manual_en_full.html#manage_customform
Data Validation¶
Byly nakonfigurovány následující pravidla ověřování dat. Tato ověřovací pravidla se nespouštějí v samotném formuláři pro zadávání údajů, protože se očekává, že bude naléhavé hlášení údajů, kde k událostem dochází v různých časových rámcích (např. Za jeden týden lze zaznamenat pouze 3 nové případy, ale 5 úmrtí).
| Název | Operátor | Návod | Popis na levé straně | Popis na pravé straně |
|---|---|---|---|---|
| COVID19 - PCR testy \<= testováno | less_than_or_equal_to | Testováno pomocí PCR by mělo být menší nebo rovné celkovému provedenému testu | Testováno pomocí PCR | Testováno provedeno |
| COVID19 - Nové případy hospitalizace \<= Všechny nové případy | less_than_or_equal_to | Nové hospitalizované případy by měly být menší nebo rovny všem novým případům | Nové případy hospitalizovány | Všechny nové případy |
| COVID19 - Nové potvrzené úmrtí \<= Nové potvrzené případy | less_than_or_equal_to | Nové potvrzené úmrtí by mělo být menší nebo rovno novým potvrzeným případům | Nové potvrzené úmrtí | Nové potvrzené případy |
| COVID19 - Pravděpodobná úmrtí \<= Nové pravděpodobné případy | less_than_or_equal_to | Pravděpodobná úmrtí by měla být menší nebo rovna novým pravděpodobným případům | Pravděpodobná úmrtí | Nové pravděpodobné případy |
| COVID19 - Nová úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzená + pravděpodobná) \<= Všechna úmrtí hlášena | less_than_or_equal_to | Nová úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzená + pravděpodobná) by měla být menší nebo rovna všem hlášeným úmrtím | Nové úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | Všechna úmrtí hlášena |
| COVID19 - Nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzené + pravděpodobné) \<= Všechny nové případy | less_than_or_equal_to | Nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzené + pravděpodobné) by měly být menší nebo stejné jako všechny nové případy | Nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | Všechny nové případy |
| COVID19 - Nové úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) \<= nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | less_than_or_equal_to | Nová úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzená + pravděpodobná) by měla být menší nebo rovna novým případům mezi zdravotním personálem (potvrzená + pravděpodobná) | Nové úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | Nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) |
Skupiny uživatelů¶
V balíčku metadat jsou zahrnuty následující skupiny uživatelů:
- Správce COVID19 - je určen pro správce systému, aby měli práva upravovat metadata
- Zachycení dat COVID19 - je určeno pro zaměstnance zadávající data, aby měli přístup ke shromažďování dat
- Přístup COVID19 - určený pro uživatele, jako jsou analytičtí uživatelé, kteří by měli být schopni zobrazit data, ale ne upravovat metadata.
Další informace naleznete v instalačních pokynech.
Indikátory¶
Ze zachycených údajů můžeme vypočítat alespoň následující ukazatele, z nichž mnohé WHO doporučuje pro týdenní hlášení a představte je na ovládacím panelu. Všechny indikátory programu COVID-19 jsou přiřazeny skupině indikátorů 'COVID19'.
| název | popis |
|---|---|
| COVID19 - Nové potvrzené úmrtí | Počet nově potvrzených úmrtí |
| COVID19 - Nové případy mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | Počet nových případů mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) |
| COVID19 - podíl zdravotního personálu mezi hlášenými případy (%) | Podíl zdravotního personálu mezi hlášenými případy (%) |
| COVID19 - Aktivní případy | Počet aktivních případů |
| COVID19 - uzavřené případy | Počet uzavřených případů |
| COVID19 - Nové potvrzené případy | Počet nových potvrzených případů |
| COVID19 - Míra zotavení (%) | Míra vymáhání potvrzených případů |
| COVID19 - Míra úmrtnosti mezi zdravotním personálem (%) | Míra úmrtnosti mezi zdravotním personálem |
| COVID19 - Nové hospitalizované případy | Nové hospitalizované případy |
| COVID19 - Testováno | Celkový počet provedených testů |
| COVID19 - testováno pomocí PCR | Testováno pomocí PCR |
| COVID19 - Míra pozitivity (%) | Míra pozitivity |
| COVID19 - Nové pravděpodobné případy | Počet nových pravděpodobných případů |
| COVID19 - Nové vybité případy | Počet nových propuštěných případů |
| COVID19 - Nové úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) | Počet nových úmrtí mezi zdravotním personálem (potvrzeno + pravděpodobné) |
| COVID19 - podíl testů PCR (%) | Podíl provedených testů PCR |
| COVID19 - Všechny případy (Potvrzeno + Pravděpodobné) | Počet všech případů (potvrzeno + pravděpodobné) |
| COVID19 - Nové pravděpodobné úmrtí | Počet nových pravděpodobných úmrtí |
| COVID19 - Míra úmrtnosti (%) | Míra úmrtnosti případů u potvrzených případů |
Ovládací panely¶
Klíčové analytické položky byly nakonfigurovány a přidány na řídicí panel „COVID19 - Aggregate Weekly Surveillance“. Mezi tyto položky patří; kontingenční tabulky, grafy a mapa navržené tak, aby poskytovaly vizualizaci dat u některých dat zachycených na základě indikátorů. V procesu přijetí tohoto balíčku mohou uživatelé upravovat nebo vytvářet další položky, které vyhovují jejich analytickým potřebám, a stejně provádět nezbytné úpravy na ovládacím panelu.
| název | typ |
|---|---|
| COVID19 - Testováno, testy s PCR a míra pozitivity podle subnárodní úrovně v letošním roce | Kontingenční tabulka |
| COVID19 - HW mezi hlášenými případy v tomto roce | Graf |
| COVID19 - Míra úmrtnosti mezi zdravotním personálem. | Graf |
| COVID19 - Nové potvrzené případy a úmrtí za posledních 12 týdnů | Graf |
| COVID19 - provedeny kumulativní testy, hlášené případy, hospitalizováni, propuštěni a úmrtí | Graf |
| COVID19 - kumulativní potvrzené případy na subnárodní úrovni | Mapa |
| COVID19 - Úmrtí podle věkových skupin za poslední týdny | Graf |
| COVID19 - Potvrzené případy podle pohlaví za posledních 14 týdnů | Graf |
| COVID19 - Uzavřené a aktivní případy na subnárodní úrovni v posledních měsících | Graf |
| COVID19 - Míra zotavení a úmrtnost za posledních 12 týdnů | Graf |
| COVID19 - Aktivní a uzavřené případy posledních 12 týdnů | Graf |
Reference¶
- Pokyny k instalaci: https://www.dhis2.org/covid-19
- WHO Interim guidelines on nCoV-19 surveillance & case definitions (last updated March 20, 2020) https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/surveillance-and-case-definitions>
- WHO COVID-19 surveillance data dictionary (v6) https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/data-dictionary-covid-crf-v6.xlsx?sfvrsn=a7d4ef98_2
- WHO Laboratory testing for 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected human cases (last updated 2 March 2020) https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117
- Zprávy o situaci koronaviru WHO https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports>
- Global surveillance of COVID-19: WHO process for reporting aggregated data https://www.who.int/publications/i/item/aggregated-weekly-reporting-form